ChIP-exo

ChIP-exo Er en spesialisert Versjon Av ChIP som brukes til å kartlegge protein av interesse (POI) bindingssteder i genomet. ChIP-exo legger til et ekstra DNA-fordøyelsesteg Til ChIP-seq. Når antistoffet er bundet TIL POI-kromatinkomplekset, brukes en 3 ‘ eksonuklease til å fordøye DNA som stikker ut fra poi-bindingsstedet. Dette reduserer oppløsningen fra hundrevis av nukleotider til så lite som en (Rhee og Pugh, 2012). 5 ‘ strengene forblir, og brukes til å oppdage regionen ved mikroarray, PCR eller oftest sekvensering.

den største fordelen med denne teknologien er tydelig sin økning i oppløsning, men det reduserer også støy ved å fordøye forurensende DNA, derfor mindre sekvenseringsdybde er nødvendig (Rhee og Pugh, 2012). På grunn av denne følsomheten Har ChIP-exo blitt brukt til å kartlegge nye transkripsjonelle initieringssteder og andre oppdagelsesbaserte studier (Venters and Pugh, 2013). Den eneste virkelige ulempen er at noen komplekse tredimensjonale interaksjoner av proteinet går tapt. For eksempel, hvis en transkripsjonsfaktor samtidig binder to genomiske regioner, vil dette bli lest som to forskjellige bindingshendelser, ikke en.

Nylig Har ChIP-exo blitt tilpasset for å bruke den vanlige Illumina-sekvenseringsplattformen. Denne tilpasningen acutally bedre Enn ChIP-seq På Illumina i alle beregninger, og er spesielt designet for effektive menneskelige studier (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo Tilleggsavlesning

Rhee, Hs, Og Pugh, Bf (2011). Omfattende Genom-wide Protein-DNA Interaksjoner Oppdaget Ved Single-Nukleotid Oppløsning. Celle 147, 1408-1419.

dette papiret er fra gruppen som utviklet ChIP-exo og beskriver arbeidsflyten i prosessen i detalj. Forfatterne bruker også teknologien til å karakterisere tidligere ukjente transkripsjonsfaktor bindende sties.

Referanseliste

• Rhee, H. S. og Pugh, B. F. (2012). ChIP-exo metode for å identifisere genomisk plassering AV DNA-bindende proteiner med nær-single-nukleotid nøyaktighet. Curr. Protokoll. Mol. Biol. Kapittel 21, Enhet 21.24.
• Serandour, Aa, Brown, Gd, Cohen, Jd, Og Carroll, Js (2013). Utvikling Av En Illumina-basert ChIP-eksonuklease-metode gir innsikt I FoxA1-DNA-bindingsegenskaper. Genom Biol. 14, R147.
• Venters, Bj, og Pugh, Bf (2013). Genomisk organisering av menneskelige transkripsjon initiering komplekser. Natur 502, 53-58.