csbphd
Computational And Systems Biology
feltet av computational og systembiologi representerer en syntese av ideer og tilnærminger fra biovitenskap, naturvitenskap, informatikk og ingeniørfag. Nylige fremskritt innen biologi, inkludert human genome project og massivt parallelle tilnærminger til probing biologiske prøver, har skapt nye muligheter til å forstå biologiske problemer fra et systemperspektiv. Systemmodellering og design er godt etablert i ingeniørdisipliner, men er nyere i biologi. Fremskritt innen beregnings – og systembiologi krever tverrfaglige team med ferdigheter i å anvende prinsipper og verktøy fra ingeniørfag og datavitenskap for å løse problemer innen biologi og medisin. For å gi utdanning i dette nye feltet integrerer Computational And Systems Biology (CSB) – programmet MITS verdensberømte disipliner innen biologi, ingeniørfag, matematikk og datavitenskap. Nyutdannede av programmet er unikt forberedt på å lage nye funn, utvikle nye metoder, og etablere nye paradigmer. De er også godt posisjonert til å påta seg kritiske lederroller i både akademia og industri, hvor dette feltet blir stadig viktigere.
CSB VED MIT
Beregnings-og systembiologi, som praktisert VED MIT, er organisert rundt “3 Ds” av beskrivelse, destillasjon og design. I mange forskningsprogrammer brukes systematisk datainnsamling til å lage detaljerte beskrivelser på molekylært eller cellulært nivå av et system i en eller flere definerte tilstander. Gitt kompleksiteten til biologiske systemer og antall interagerende komponenter og parametere, utføres systemmodellering ofte med sikte på å destillere de essensielle eller viktigste delsystemene, komponentene og parametrene, og å skaffe forenklede modeller som beholder evnen til nøyaktig å forutsi systemadferd under et bredt spekter av forhold. Destillasjon av systemet kan øke tolkbarheten av modellene i forhold til evolusjonære og tekniske prinsipper som robusthet, modularitet og evolvabilitet. De resulterende modellene kan også tjene til å lette rasjonell utforming av forstyrrelser for å teste forståelse av systemet eller for å endre systemadferd (for eksempel for terapeutisk inngrep), samt innsats for å designe relaterte systemer eller systemer som består av lignende biologiske komponenter.
Csb Fakultet Og Forskning
Mer enn 70 fakultetets medlemmer ved Instituttet deltar I MITS Computational And Systems Biology Initiative (CSBi). Disse etterforskerne spenner over nesten alle avdelinger I School Of Science og School Of Engineering, og gir csb-studenter muligheten til å forfølge avhandlingsforskning i et bredt spekter av forskjellige laboratorier. Det er også mulig for studenter å arrangere samarbeidsprosjekter med felles veiledning av fakultetets medlemmer med ulike kompetanseområder. Områder med aktiv forskning inkluderer beregningsbiologi og bioinformatikk, gen-og proteinnettverk, regulatorisk genomikk, molekylærbiofysikk, instrumenteringsteknikk, celle-og vevsteknikk, prediktiv toksikologi og metabolsk engineering, bildebehandling og bildeinformatikk, nanobiologi og mikrosystemer, biologisk design og syntetisk biologi, nevrosystembiologi og kreftbiologi.
CSB PhD-Programmet
Csb PhD-programmet er Et Instituttomfattende program som er utviklet i fellesskap av Instituttene For Biologi, Biologisk Ingeniørfag og Elektroteknikk og Datavitenskap. Programmet integrerer biologi, ingeniørfag og beregning for å løse komplekse problemer i biologiske systemer, OG CSB PhD-studenter har mulighet til å jobbe Med csbi fakultet fra Hele Instituttet. Læreplanen har en sterk vekt på grunnleggende materiale for å oppmuntre elevene til å bli skapere av fremtidige verktøy og teknologier, i stedet for bare utøvere av dagens tilnærminger. Søkere må ha en lavere grad i biologi (eller et beslektet felt), bioinformatikk, kjemi, informatikk, matematikk, statistikk, fysikk, eller en teknisk disiplin, med dual-vekt grader oppmuntret.
CSB Graduate Education
alle studenter forfølge en kjerneplan som inkluderer klasser i biologi og beregningsbiologi, sammen med en klasse i beregnings-og systembiologi basert på vitenskapelig litteratur. Avanserte valgfag i vitenskap og ingeniørfag forbedrer både bredden og dybden av hver elevs utdanning. I løpet av sitt første år, i tillegg til kurs, utfører studentene rotasjoner i flere forskningsgrupper for å få en bredere eksponering for arbeid på grensen til dette feltet, og å identifisere et egnet laboratorium for å gjennomføre avhandlingsforskning. Csb-studenter tjener også som lærerassistenter i løpet av ett semester i det andre året for å videreutvikle sine undervisnings-og kommunikasjonsevner og legge til rette for samspillet på tvers av fagområder. Studentene deltar også i opplæring i ansvarlig forskning for å forberede dem på kompleksiteten og kravene til moderne vitenskapelig forskning. Den totale lengden på programmet, inkludert klassearbeid, kvalifiserende eksamener, avhandlingsforskning og utarbeidelse av avhandlingen, er omtrent fem år.
Pensum
CSB læreplanen har to komponenter. Den første er en kjerne som gir grunnleggende kunnskap om både biologi og beregningsbiologi. Den andre er et tilpasset program av valgfag som er valgt av hver student i samråd med medlemmer AV CSB graduate committee. Målet er å gi studentene bred breddegrad i å definere sitt individuelle interesseområde, samtidig som de gir tilsyn og veiledning for å sikre at opplæringen er streng og grundig.
Læreplan
læreplanen består av tre klasserom fag pluss et sett av tre forskningsrotasjoner i ulike forskningsgrupper. Klasseromsfagene faller inn i tre områder som er beskrevet nedenfor.
Moderne Biologi (Ett Fag): et begrep av moderne biologi ved MIT styrker biologi base av alle studenter i programmet. Emner innen biokjemi, genetikk, cellebiologi, molekylærbiologi eller nevrobiologi oppfyller dette kravet. Det spesielle kurset tatt av hver student vil avhenge av deres bakgrunn og vil bli bestemt i samråd med kandidatkomiteens medlemmer.
Computational Biology (Ett Fag): et begrep av beregningsbiologi gir studentene en bakgrunn i anvendelsen av beregning til biologi, inkludert analyse og modellering av sekvens, strukturelle og systemdata. Dette kravet kan oppfylles av 7.91 / 20.490 Foundations Of Computational And Systems Biology.
Emner I Beregnings – Og Systembiologi (Ett Fag): Alle førsteårsstudenter i programmet deltar i / 7,89 Emner I Beregnings-Og Systembiologi, en utforskning av problemer og tilnærminger innen beregnings-og systembiologi gjennom grundig diskusjon og kritisk analyse av utvalgte primære forskningspapirer. Dette emnet er begrenset til Første års Doktorgradsstudenter I CSB eller relaterte felt for å bygge et sterkt fellesskap blant klassen. Det er det eneste emnet i programmet med en slik begrensning.
Forskningsgrupperotasjoner (Tre Rotasjoner): For å hjelpe studenter med laboratorievalg og tilby en rekke forskningsaktiviteter innen beregnings-og systembiologi, deltar studentene i tre forskningsrotasjoner av en til to måneders varighet i løpet av sitt første år. Studentene oppfordres til å få erfaring i eksperimentelle og beregningsmessige tilnærminger tatt på tvers av ulike fagområder ved MIT.
Avanserte Valgfag
kravet om fire avanserte valgfag er utformet for å utvikle både bredde og dybde. Valgfag legge til bunnen av diversifisert kjernen og bidra styrke i områder knyttet til student interesse og forskning retning. For å utvikle dybde, må to av de fire avanserte valgfag være i samme forskningsområde eller avdeling. For å utvikle bredde må minst ett av valgfag være i ingeniørfag og minst ett i vitenskap. Hver student designer et program med avanserte valgfag som tilfredsstiller distribusjons-og områdekrav i nært samråd med medlemmer av kandidatkomiteen.
Ytterligere Emner: SOM det er typisk for studenter i andre doktorgradsprogrammer VED MIT, KAN Csb PhD-studenter ta klasser utover de nødvendige diversifiserte kjerne-og avanserte valgfag som er beskrevet ovenfor. Disse tilleggsfagene kan brukes til å legge til bredde eller dybde i den foreslåtte læreplanen, og kan være nyttige for å utforske avanserte emner som er relevante for studentens avhandlingsforskning i senere år. CSB Graduate Committee jobber med hver kandidatstudent for å utvikle en sti gjennom læreplanen som passer for hans eller hennes bakgrunn og forskningsinteresser.
Opplæring I Ansvarlig Forskning: Gjennom programmet vil studentene forventes å delta på workshops og andre aktiviteter som gir opplæring i etisk oppførsel av forskning. Dette er spesielt viktig i tverrfaglige felt som beregnings-og systembiologi, hvor ulike disipliner ofte har svært forskjellige filosofier og konvensjoner. Ved utgangen av fjerde år vil studentene ha hatt ca 16 timers trening i ansvarlig gjennomføring av forskning.
Kvalifiserende Eksamener: I tillegg til kurs og en forskningsoppgave må hver student bestå en skriftlig og en muntlig kvalifiserende eksamen ved slutten av det andre året eller begynnelsen av det tredje året. Den skriftlige eksamen innebærer å utarbeide et forskningsforslag basert på studentens avhandlingsforskning, og presentere forslaget til eksamenskomiteen. Denne prosessen gir et sterkt fundament for avhandlingen forskning, som omfatter nye forskningsideer og foredling av omfanget av forskningsprosjektet. Den muntlige eksamen er basert på kurs tatt og relatert publisert litteratur. Kvalifiserende eksamener er utformet for å utvikle og demonstrere dybde i et valgt område (området av avhandlingen forskning) samt bredde av kunnskap på tvers av feltet av beregnings-og systembiologi.
Thesis Research: Forskning vil bli utført under tilsyn Av En csbi ansatt, som kulminerte i innlevering av en skriftlig avhandling og dens muntlig forsvar før samfunnet og dispute defense committee. Ved det andre året, vil en student ha dannet en avhandling advisory committee at de vil møte med på årsbasis.
