Dr. Chittaranjan Das

hovedfokuset på laboratoriet vårt er å forstå den funksjonelle rollen deubiquitinerende enzymer (deubiquitinaser eller DUBs) i cellulære veier, spesielt de som er involvert i nevrodegenerasjon (gradvis tap av nevroner), som Alzheimers sykdom (AD) og Parkinsons sykdom (PD). Et bredt spekter av biologiske prosesser styres av reversibel, post-translasjonell modifikasjon av proteiner ved kovalent binding av ubiquitin, et sterkt konservert 76-rest eukaryotisk polypeptid. Ubiquitination kan betraktes som starthendelsen til en signalkaskade (ubiquitin-signalering) som til slutt avsluttes ved hydrolytisk fjerning av ubiquitin-taggen av EN DUB. En undersøkelse av humant genom avslører tilstedeværelsen av ca 90 DUBs, noe som tyder på at de er involvert i et bredt spekter av biokjemiske veier. Vår tilnærming til å studere DUBs er basert på kombinert anvendelse av en rekke verktøy som inkluderer kjemisk syntese av små molekylprober, Røntgenkrystallografi og massespektrometri-basert proteomikk.

Struktur AV UCHL1 bestemt Av røntgenkrystallografi antyder at enzymet kan vedta to tilstander, en inaktiv tilstand (hvor de katalytiske rester er feiljustert, vist til venstre) og en antatt aktiv tilstand – hvor resterne bringes i justering ved interaksjon av proteinet med ukjente kofaktorer. En foreslått metode for identifisering AV kofaktorer AV UCHL1 via aktivitetsbasert rensing fra helcelleekstrakter(høyre).

For tiden undersøker vi normal funksjon av neuronal dub ubiquitin C-terminal hydrolase L1 (UCHL1)- ET PD-assosiert,neuron-spesifikt protein med ukjent fysiologisk funksjon. Vår innsats i denne retningen er rettet mot å utvikle cellepermeable småmolekylinhibitorer AV UCHL1 som kan brukes til å sonde sin funksjon (både normal og sykdomsassosiert), bestemme dens bindingspartnere ved affinitetsbasert rensing fra helcelleekstrakter, og definere det molekylære grunnlaget for hvordan en naturlig forekommende variant av dette enzymet-Der Ser i posisjon 18 er erstattet Av Tyr (kalt s18y polymorph)-gir beskyttelse mot Parkinsons sykdom (PD). I TILLEGG til UCHL1 gjennomfører VI også strukturelle og mekanistiske undersøkelser av andre relaterte enzymer som antas å være involvert i grunnleggende biokjemiske prosesser som DNA-reparasjon, histonmodifisering og endocytose av plasmamembranproteiner.

Utdanning

• Ph. D., Indisk Institutt For Vitenskap, 2001
• Postdoktor, Harvard Medical School Og Brandeis University, 2006

Anerkjennelser

• Senior Research Fellowship, Universitets Grants Commission, India , 1996

Publikasjoner

publikasjonsliste