Hva er forskjellen mellom et stoff og en forbindelse I PubChem?

PubChem-brukere spør noen ganger om forskjellen mellom et stoff og en forbindelse. Spørsmålet er ikke overraskende som navnene “substans ” og” sammensatte ” alene ikke iboende formidle forskjellen. I PubChem terminologi, et stoff er en kjemisk prøvebeskrivelse gitt av en enkelt kilde og en forbindelse er en normalisert kjemisk struktur representasjon funnet i en eller flere bidratt stoffer. Skillet er viktig Som PubChem er organisert i tre separate databaser: Compound, Substance, Og BioAssay. Diagrammet nedenfor forklarer forskjellen, men la oss utforske dette videre.

for å forstå de forskjellige databasene I PubChem, er det nyttig å vite hvor informasjonen kommer fra. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) er et åpent arkiv over kjemiske stoffer og informasjon om deres biologiske aktiviteter. Data leveres av hundrevis av bidragsytere (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/kilder/), inkludert utgivere, forskere, kjemiske leverandører, farmasøytiske selskaper og en rekke viktige kjemiske biologiske ressurser. Hver av disse datakildene bidrar med en beskrivelse av kjemiske stoffprøver som de har informasjon om.

PubChem kaller disse community-gitt prøvebeskrivelser ” stoffer.”Hver post funnet I PubChem Substance database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) inneholder informasjon fra en individuell bidragsyter om et bestemt kjemisk stoff. Stoff poster er uavhengige av hverandre. To Forskjellige Stoffregistre (fra samme eller forskjellige leverandører) kan gi forskjellig informasjon om samme kjemiske struktur. For eksempel kan en stoff posten gi informasjon om den biologiske rollen aspirin, mens en annen kan gi informasjon om en forskning grade utvalg av aspirin. Stoffdatabasen opprettholder opprinnelsen til kjemisk stoffinformasjon I PubChem. Det hjelper brukerne å se hvem som ga hva. Som et resultat, kan det være mange stoff poster om et gitt molekyl, presentere et problem for brukere som er interessert i en samlet visning av informasjon om molekylet. Det er her PubChem Compound database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound) kommer inn i spill.

Den Sammensatte databasen er avledet fra den kjemiske strukturen innholdet i Substance database. Hver kjemisk er beregningsmessig undersøkt med en rekke validerings-og normaliseringstrinn. Denne prosessen resulterer i en normalisert representasjon av den kjemiske strukturen for et stoff posten. Kjemiske stoffer I Stoffdatabasen som ikke er fullstendig beskrevet eller som mislykkes normaliseringsprosedyrer, inngår ikke I Sammensatt database. De stoffene I Stoffdatabasen som passerer kjemiske struktur normalisering prosedyrer er knyttet til en “sammensatte” posten I Sammensatte databasen. Hvis to stoffer refererer til samme kjemiske struktur, peker de på samme forbindelse. Dette gjør at data fra Ulike Substansdataleverandører kan aggregeres gjennom en felles Sammensatt post. Men også å ha separate stoffregistre er fortsatt verdifullt for brukere, som for eksempel kan være interessert i opprinnelsen til et stoff eller en bestemt tilstand av kjemikaliet (for eksempel en annen tautomer form). I hovedsak er Et hovedformål Med PubChem Compound database å gi en “ikke-redundant” visning av innskyter-bidratt kjemisk struktur innhold lagret I PubChem Substance database.

Så, for å svare på spørsmålet i begynnelsen, hva er forskjellen mellom et stoff og en forbindelse? Et stoff er en bidratt kjemisk stoffprøvebeskrivelse fra en bestemt PubChem dataleverandør. En forbindelse er en normalisert kjemisk struktur representasjon funnet i en eller flere bidratt stoff beskrivelser.

for å lese mer om dette emnet, kan du vurdere å utforske disse linkene:

• PubChem Hjelp (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ hjelp.html # PubChem_Overview)
• Hjelp For Sammendragssiden For PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).