Identifikasjon Og karakterisering av citrus yellow vein clearing virus, et antatt nytt medlem Av slekten Mandarivirus

Molekylære egenskaper Og genomisk organisasjon ble bestemt For Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV), det antatte virale årsakssammenheng for gul vein clearing sykdom av sitrontrær, rapportert i Pakistan, India, og mer nylig I Tyrkia og Kina. CYVCV isolere Y1 Fra Adana, Tyrkia, ble brukt for dyp sekvensering analyse av virus-indusert små RNA fraksjoner og for mekanisk og pode inokulering av urteaktige og sitrus indikator planter. Et polyklonal antiserum ble utviklet FRA CYVCV-Y1 renset Fra Phaseolus vulgaris og brukt i western blot-analyser for å karakterisere kappeproteinet TIL CYVCV-Y1 og bestemme dets serologiske forhold til relaterte virus. Contigs samlet fra Illumina sekvenserte korte leser ble brukt til å konstruere hele genomet Av Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV), som består i en positiv-sense RNA av 7,529 nukleotider og inneholder seks spådde åpne leserammer. CYVCV-genomets organisasjon og størrelse lignet flexiviruses, og søk etter sekvenshomologier viste at Indisk citrus ringspotvirus (ICRSV) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) er det nært beslektede viruset. CYVCV hadde imidlertid en samlet nukleotidsekvensidentitet på ≈74% med ICRSV. SELV om de to virusene var like med hensyn til genomorganisasjon, viruspartikler og urteaktig vertsområde, FORÅRSAKET CYVCV forskjellige symptomer i sitrus og var serologisk forskjellig fra ICRSV. Primer parene ble designet og brukt til å oppdage viruset ved konvensjonell og kvantitativ revers transkripsjon-polymerase kjedereaksjon på gul vene clearing symptomatiske felt trær samt pode-og mekanisk inokulert vert planter. Samlet sett tyder disse dataene på AT CYVCV er årsakssammenheng for gul veneavklaring sykdom og representerer en ny art i slekten Mandarivirus.