Komplett Genomsekvens Av Clostridium innocuum Stamme ATCC 14501

KUNNGJØRING

vi rapporterer komplett genomsekvens Av Clostridium innocuum stamme ATCC 14501, som ble identifisert i 1962 etter isolasjon fra en appendiceal abscess (1). Det ble karakterisert Som En Gram-positiv stang med terminale sporer. Koloniene var 1,5 til 2,5 mm i diameter, glanset, hvitt, hevet og ikke-hemolytisk. Intraperitoneal inokulering av kultur-supernatanten i mus var ikke-patogen. Siden Da Har C. innocuum blitt ansett som en godartet gastrointestinal mikroorganisme (1).

nå blir det patogene potensialet Til C. innocuum revurdert. Nylig rapporterte Chia og kolleger At C. innocuum er den nest vanligste clostridialarten som forårsaker ekstraintestinal infeksjon (2) og er en årsak til En Clostridioides difficile-lignende tarminfeksjon (3). Disse isolatene var vankomycinresistente, cytotoksiske Mot Vero-og HT-29-celler og enteropatogene hos mus (3). Med denne revurderingen Av c. innocuum patogenitet, er den komplette genomsekvensen av stamme ATCC 14501 nødvendig.

Genomisk DNA (gDNA) for Både Illumina og Nanopore biblioteker ble ekstrahert Ved Hjelp Av BiOstic bacteremia DNA isolation kit (Qiagen, Germantown, MD) fra en overnatting kultur dyrket anaerobt i tryptisk soya buljong på 37°c. Long-lese sekvensering biblioteker ble utarbeidet fra unsheared gDNA bruker ligation sekvensering kit SQK-LSK109 (Oxford Nanopore, UK) og sekvensert På MinION plattformen ved HJELP AV EN FLO-MIN106 flyt celle. Standardparametere ble brukt for all programvare med mindre annet er angitt. Guppy v3.4.5 ble brukt til å basere samtale leser Med R9. 4.1 høy nøyaktighet modell og å utføre lese kvalitet filtrering basert På q score, demultiplexing, og strekkode trimming. Omtrentlig lesedekning var 98× fra 19,646 leser totalt 460.0 Mbp. Les n50-verdien var 22.933 nukleotider, Og L50-verdien var 7.784 leser. Nanopore lesekvalitet ble evaluert ved hjelp av pycoQC v2.5.0.21 (4).

kortlesede sekvenseringsbiblioteker ble utarbeidet fra gDNA ved Hjelp Av Nextera XT-settet (Illumina, San Diego, CA) og sekvensert På Illumina MiSeq-plattformen ved hjelp av en v3-strømningscelle for å gi 482 327 par med 301 bp-leser. Sekvenseringsadaptere ble trimmet fra leser på instrument for å generere 196,3 Mbp sekvens, med en omtrentlig genomdekning på 42×. Illumina lesekvalitet ble evaluert Ved Hjelp Av FastQC v0.11.2 (5). For å minimere falske positive variantanrop i justeringer ble det ikke utført kvalitetstrimming Av Illumina-leser (6).

genomet ble satt sammen Med Nanopore leser passerer Q score filtrering Ved Hjelp Av Flye v2. 6 for å generere en enkelt 4.30-Mb contig (7). Adapter-trimmet Illumina leser ble justert til forsamlingen VED HJELP AV BWA v0.7.17, og monteringsfeil ble korrigert Ved Hjelp Av Pilon v1.23 med en –mindepth innstilling på 0,1 (8, 9). Seriell lese justering Og Pilon korreksjon ble utført tre ganger før ingen ytterligere montering rettelser ble generert. Tilpasset programvare (Pilon Tools v0.1) (https://github.com/egonozer/pilon_tools) ble brukt til å identifisere, manuelt vurdere og korrigere eventuelle gjenværende homopolymer montering feil. Sirkulator v1.5.5 ble brukt til å sikre sirkularisering av kromosomet ved å trimme overlappende ender og rotere til starten av dnaA-genet (10). Den endelige samlingen er en enkelt kromosomal sekvens med en lengde på 4.718.906 bp og ET gc-innhold på 43,6%. Annotasjon ble utført ved HJELP AV NCBI Prokaryote Genome Annotation Pipeline (PGAP) v4.11 (11, 12).