Kromosomkonformasjon Fangst

INTRODUKSJON

Kromosomkonformasjon fangst (3C) er en teknikk som brukes til å oppdage romlig organisering av kromosomalt DNA i faste celler. DNA-sekvenser i romlig nærhet i kjernen eller engasjert i fysiske interaksjoner (som de mellom gener og regulatoriske elementer) kan vurderes kvantitativt for å gi et mål som potensielt reflekterer deres assosiasjonsfrekvens og/eller nærhet. 3C kan brukes til å studere langtrekkende interaksjoner mellom DNA-sekvenser på samme kromosom (intrachromosomal) eller mellom forskjellige kromosomer (interchromosomal). Kort sagt, kromatinfragmenter i nærheten er festet med formaldehyd, etterfulgt av fordøyelse med restriksjonsenzymer, nukleær lysis, fortynning av de tverrbundne kompleksene og intramolekylær ligering. Kryssforbindelsene fjernes deretter og DNA renses. Polymerase chain reaction (PCR) blir deretter brukt til å forsterke DNA-fragmenter som inneholder nye ligering veikryss ved hjelp av primere spesifikke FOR ET PAR DNA-sekvenser under etterforskning. HER beskriver vi en detaljert 3c-protokoll og eksperimentelle kontroller som kan brukes til å undersøke kjernefysisk sammenstilling av to genomiske regioner, i cis eller trans.