Komplett Genomsekvens Av Collinsella aerofaciens Isolert fra Tarmen til Et Sunt Indisk Emne | Jiotower

GENOM KUNNGJØRING

bakterien Collinsella aerofaciens Er kjent for sin evne til å gjære en rekke plante-og animalske karbohydrater og for å produsere H2, etanol, kortkjedede fettsyrer og laktat i humant kolon (1). C. aerofaciens er den viktigste utnyttelsen av laktose i tykktarmen hos mennesker. Flere studier viste At Collinsella og Bifidobacterium kan modifisere vertsgallsyrene for å modulere virulens og patogenitet av enteriske patogener (2). Nylig ble det rapportert at en endret overflod Av Collinsella også kan påvirke vertsplasmakolesterolnivået (3). For å forstå Betydningen Av c. aerofaciens i helse og sykdom, er det viktig å utforske sitt genomiske repertoar og identifisere funksjoner som potensielt påvirker vertsfysiologi.

I denne studien, C. aerofaciens stamme indica ble isolert fra en fekal prove av et sunt voksen Indisk emne. En fekal prøve på omtrent 500 mg ble resuspendert i 1 ml fosfatbufret saltvann (PBS), fortynnet serielt i samme buffer og belagt på en preredusert Tryptikase soya agarplate (pH 7,3) supplert med 5% (vol/vol) defibrert saueblod. Bakterieceller ble spredt over overflaten av platene ved hjelp av fire eller fem glassperler (3,00 mm). Plater ble inkubert i 48 timer ved 37°C i en anaerob arbeidsstasjon (Whitley DG250) fylt med 80% N2, 10% CO2 og 10% H2. En enkelt koloni Av C. aerofaciens ble dyrket i 5 ml tryptisk soyabuljong (TSB) for 48 h. Veksten av cellene I TSB ble overvåket av spektrofotometer. C. aerofaciens-celler ble høstet fra 2 ml kultur ved sentrifugering(8000 × g i 3 min), og det genomiske DNA ble ekstrahert VED THSTI-metoden (4).

hele genomsekvenseringen Av c. aerofaciens ble utført ved å benytte 2 FORSKJELLIGE DNA-sekvenseringsplattformer, De Fra Illumina (HiSeq 2500 system) og Oxford Nanopore Technologies (MinION). SPAdes verktøyet ble brukt til å montere feilkorrigert Lang Nanopore leser Og Illumina leser, som genererte en enkelt contig. Den samlede komplette genomsekvensen Av C. aerofaciens ble evaluert ved Sanger-sekvensering. Det komplette genomet Av c. aerofaciens stamme indica er 2.306.349 bp i lengde, med 60.1% GC-innhold.

analysen av 2.30-Mb genomsekvensen Av c. aerofaciens identifiserte 1,995 gener, inkludert 75 RNA-kodende gener. Genomet har 276 delsystemer og er beriket med protein (231 åpne leserammer), karbohydrat (226 ORFs), aminosyre (200 ORFs), kofaktor og vitamin (102 ORFs) metabolske funksjoner. C. aerofaciens genomet er også beriket med fettsyre, lipid og isoprenoid metabolske funksjoner (56 ORFs). C. aerofaciens-genomet har imidlertid flere antibiotikaresistensgener, som β-laktamase, tetracyklinresistens og ribosombeskyttelsesfunksjoner, og multidrugresistensutløpspumper, men det ble ikke påvist noe gen for underkategorien virulens, patogenitet og sykdomsutvikling. Den komplette genomsekvensen Av c. aerofaciens stamme indica vil bidra til en bedre forståelse av biologien til commensal og molekylære grunnlaget for sin dominans i tarmen Av Indiske fag.