3.6. Genen met transcripten en met identieke namen gerapporteerd als 0 tellingen zelfs met in kaart gebrachte leest

Home →CLC software: Belangrijke berichten →Kwesties die alleen voor versies van producten uitgebracht vóór juni 2017 →Genen met transcripties en met identieke namen, naar verluidt, 0 telt zelfs met de toegewezen leest

Het probleem

Wanneer het uitvoeren van de RNA-Seq ‘ s met behulp van track verwijzingen en

• met behulp van de optie “Genomen geannoteerd met genen en afschriften”, en
• twee of meer genen had dezelfde naam, en
• een afschrift kan worden toegewezen aan elk van deze genen van de mRNA-track

dan de waarde in het “Afschriften geannoteerde” kolom in de GE track en in de te track was 0, en alle tellingen voor dergelijke genen werden gemeld als nul, zelfs wanneer er reads mapping naar hen.

welke software en versies zijn beïnvloed?

dit probleem is van invloed op:

welke softwareversies zijn opgelost?

dit probleem is opgelost in de CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 en CLC Genomics Server 8.0.1, uitgebracht op 9 juni 2016.

het is ook behandeld in de vorige release regel: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3, en CLC Genomics Server 7.5.3, uitgebracht op 16 juni 2016.

de release notes die de oplossing voor dit probleem beschrijven, zijn te vinden op de laatste pagina ‘ s voor verbeteringen voor elk product. Deze specifieke oplossing wordt als volgt beschreven:

een probleem opgelost met het RNA-Seq-analysetool dat kon ontstaan wanneer de optie” genomen geannoteerd met genen en transcripten “werd gekozen: als twee of meer genen dezelfde naam hadden en een transcript aan elk van het mRNA-spoor kon worden toegewezen, dan was de waarde in de kolom” geannoteerde transcripten ” in het GE-spoor en in het te-spoor 0. Bovendien werden alle tellingen voor dergelijke genen gerapporteerd als nul, zelfs wanneer er reads in kaart brengen aan hen waren.

Hoe kan ik controleren of mijn RNA-Seq-analyse door het probleem is beïnvloed?

om erachter te komen of uw analyse wordt beïnvloed:

• Sorteer de te track tabel op de kolom: “Transcripts annotated”
• om het even welke transcripten die 0 in deze kolom hebben worden beà nvloed. Alle andere transcripten worden niet beïnvloed door deze bug.

de bug was aanwezig in een zeer laat stadium in de uitvoering van het RNA-Seq-algoritme, toen de berekeningsresultaten in de tabel werden ingevoerd. De onderliggende berekeningen werden correct uitgevoerd, maar waarden voor de gedupliceerde gennamen werden uitgesloten. De niet-nulwaarden die het in de tabel hebben gehaald, zijn correct en zullen niet veranderen met de fix.

terwijl transcripten met 0 in de kolom” transcripts annotated ” (betrokken transcripts) vaak zullen worden gezien bij het gebruik van de betrokken softwareversies onder de hierboven beschreven analyse-omstandigheden, verwachten we niet dat het in de meeste gevallen nodig zal zijn om analyses opnieuw uit te voeren. Slechts een zeer klein aantal genen/transcripten zou over het algemeen worden beà nvloed en deze kunnen geen genen van belang voor de analyse zijn. Bijvoorbeeld, in veel gevallen, genen gegeven de zelfde naamcode voor rRNAs, snoRNA, en andere diverse RNAs, eerder dan mRNAs.
als u de betrokken transcripten ziet die geassocieerd zijn met genen van potentieel belang, raden we u aan de analyse opnieuw uit te voeren met behulp van een versie van de software die een oplossing voor dit probleem bevat.