ChIP-exo

de Spaander-exo is een gespecialiseerde versie van spaander wordt gebruikt om zeer specifiek proteã ne van belang (POI) verbindingsplaatsen in het genoom in kaart te brengen die. Spaander-exo voegt een extra stap van de spijsvertering van DNA aan Spaander-seq toe. Wanneer het antilichaam aan het POI-chromatinecomplex wordt gebonden, wordt een 3 ‘ exonuclease gebruikt om het DNA te verteren dat van de POI-bindingsplaats uitsteekt. Dit vermindert de resolutie van honderden nucleotiden tot zo weinig zoals één (Rhee en Pugh, 2012). De 5 ‘ bundels blijven, en worden gebruikt om het gebied door microarray, PCR, of het meest meestal rangschikken te ontdekken.

het grote voordeel van deze technologie is duidelijk de toename van de resolutie, maar het vermindert ook ruis door het verteren van besmet DNA, waardoor minder sequentiediepte nodig is (Rhee and Pugh, 2012). Wegens deze gevoeligheid, is ChIP-exo gebruikt om nieuwe transcriptional initiatieplaatsen en andere op ontdekking-gebaseerde studies in kaart te brengen (Venters en Pugh, 2013). Het enige echte nadeel is dat om het even welke complexe driedimensionale interactie van de proteã ne verloren gaat. Bijvoorbeeld, als een transcriptiefactor gelijktijdig twee genomic gebieden bindt, zal dit als twee verschillende bindende gebeurtenissen, niet één worden gelezen.

onlangs is ChIP-exo aangepast om gebruik te maken van het gemeenschappelijke Illumina sequencing platform. Deze aanpassing heeft acutally Spaander-seq op Illumina in alle statistieken overtroffen, en speciaal ontworpen voor efficiënte menselijke studies (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo Additional Reading

Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2011). Uitgebreide genoom-brede eiwit-DNA interactie gedetecteerd bij Single-Nucleotide resolutie. Cel 147, 1408-1419.

dit artikel is afkomstig uit de groep die ChIP-exo heeft ontwikkeld en beschrijft de workflow van het proces in detail. De auteurs passen ook de technologie toe om voorheen onbekende transcriptiefactor bindende sties te karakteriseren.

referentielijst

• Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2012). ChIP-exo methode voor het identificeren van genomische locatie van DNA-bindende eiwitten met bijna-single-nucleotide nauwkeurigheid. Curr. Protocol. Mol. Biol. Hoofdstuk 21, Eenheid 21.24.Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., and Carroll, J. S. (2013). De ontwikkeling van een op Illumina-gebaseerde ChIP-exonuclease methode geeft inzicht in FoxA1-DNA bindende eigenschappen. Genome Biol. 14, R147.
• Venters, B. J., and Pugh, B. F. (2013). Genomische organisatie van menselijke transcriptie initiatie complexen. Natuur 502, 53-58.