Chromosoomconformatie capture
introductie
Chromosoomconformatie capture (3C) is een techniek die wordt gebruikt om de ruimtelijke organisatie van chromosoomdna in vaste cellen te detecteren. De opeenvolgingen van DNA in ruimtelijke nabijheid in de kern of betrokken bij fysieke interactie (zoals die tussen genen en regelgevende elementen) kunnen kwantitatief worden beoordeeld om een maatregel te verstrekken die potentieel hun frequentie van vereniging en/of hun nabijheid weerspiegelt. 3C kan worden gebruikt om interactie op lange termijn tussen de opeenvolgingen van DNA op hetzelfde chromosoom (intrachromosomaal) of tussen verschillende chromosomen (interchromosomaal) te bestuderen. Kort, chromatine fragmenten in nabijheid worden bevestigd met formaldehyde, gevolgd door spijsvertering met restrictie-enzymen, nucleaire lysis, verdunning van de cross-linked complexen, en intramoleculaire ligatie. De dwarsverbindingen worden vervolgens verwijderd en DNA wordt gezuiverd. De polymerasekettingreactie (PCR) wordt dan gebruikt om fragmenten van DNA te vergroten die nieuwe afbinding verbindingen bevatten gebruikend primers specifiek voor een paar opeenvolgingen van DNA in onderzoek. Hier beschrijven we een gedetailleerd 3C-protocol en experimentele controles die kunnen worden toegepast om de nucleaire juxtapositie van om het even welke twee genomische gebieden, in cis of trans te onderzoeken.
