Colony PCR

Colony PCR is een handige methode met hoge doorvoer voor het bepalen van de aanwezigheid of afwezigheid van insert-DNA in plasmideconstructies. Individuele transformatoren kunnen met een korte verhittingstap in water worden gelyseerd of direct aan de PCR-reactie worden toegevoegd en tijdens de eerste verhittingstap worden gelyseerd. Deze eerste het verwarmen stap veroorzaakt de versie van plasmidedna van de cel, zodat kan het als malplaatje voor de versterkingsreactie dienen. De inleidingen die worden ontworpen om specifiek het tussenvoegseldna te richten kunnen worden gebruikt om te bepalen of de construct het fragment van DNA van belang bevat. Alternatief, kunnen de inleidingen die vectordna richten die het tussenvoegsel flankeren worden gebruikt om te bepalen of het tussenvoegsel de correcte moleculaire grootte is of niet. Tussenvoegsel specifieke inleidingen kunnen informatie over zowel de specificiteit als de grootte van tussenvoegseldna verstrekken terwijl het gebruik van vector specifieke inleidingen het onderzoek van veelvoudige constructen tegelijkertijd toestaat. Colony PCR kan ook worden gebruikt om de oriëntatie van de wisselplaat te bepalen. PCR versterking van de plasmide met behulp van een tussenvoegsel specifieke primer in paren gerangschikt met een vector specifieke primer kan worden ontworpen om een amplicon van een specifieke grootte slechts te produceren als het tussenvoegsel in de juiste oriëntatie is. In alle experimentele ontwerpen worden de aanwezigheid of afwezigheid van een PCR-amplicon en de grootte van het product bepaald door elektroforese naast een DNA-maatteller op een agarose-gel.