Complete genoomsequentie van Clostridium Innocuum stam ATCC 14501

aankondiging

we rapporteren de complete genoomsequentie van Clostridium innocuum stam ATCC 14501, die in 1962 werd geïdentificeerd na isolatie van een appendiceaal abces (1). Het werd gekenmerkt als een grampositieve staaf met eindsporen. Kolonies hadden een diameter van 1,5 tot 2,5 mm, glanzend, wit, verhoogd en niet-emolytisch. Intraperitoneale inoculatie van het supernatans in de cultuur bij muizen was nietpathogeen. Sindsdien is C. innocuum beschouwd als een goedaardige gastro-intestinale micro-organisme (1).

nu wordt het pathogene potentieel van C. innocuum opnieuw bekeken. Onlangs, Chia en collega ‘ s gemeld dat C. innocuum is de tweede meest voorkomende clostridiale soort veroorzaakt extraintestinale infectie (2) en is een oorzaak van een clostridioides difficile-achtige darminfectie (3). Deze isolaten waren vancomycine-resistent, cytotoxisch voor Vero-en HT-29-cellen en enteropathogeen bij muizen (3). Met deze heroverweging van de pathogeniteit van C. innocuum is de volledige genoomsequentie van Stam ATCC 14501 nodig.

Genomisch DNA (gDNA) voor zowel Illumina en Nanopore bibliotheken werd geëxtraheerd met behulp van de BiOstic bacteriëmie DNA isolation kit (Qiagen, Germantown, MD) van een overnachting cultuur gegroeid anaëroob in al soja bouillon bij 37°C. de Lange-lees sequencing bibliotheken werden bereid uit unsheared gDNA met ligatie sequencing kit SQK-LSK109 (Oxford Nanopore, UK) en doorgeschoven op de MinION-platform met behulp van een FLO-MIN106 flow cel. Standaardparameters werden gebruikt voor alle software, tenzij anders aangegeven. Guppy v3. 4.5 werd gebruikt om call reads te baseren met het R9.4.1 high-accuracy model en om leeskwaliteit te filteren op basis van Q-scores, demultiplexing en barcode trimmen. Geschatte leesdekking was 98× van 19.646 leest in totaal 460.0 Mbp. De gelezen N50-waarde was 22.933 nucleotiden, en de L50-waarde was 7.784 leest. Nanopore leeskwaliteit werd geëvalueerd met behulp van pycoQC v2.5.0.21 (4).

short-read-sequencingbibliotheken werden opgesteld vanuit gDNA met behulp van de NextEra XT-kit (Illumina, San Diego, CA) en gesequenced op het Illumina MiSeq-platform met behulp van een v3-stroomcel om 482.327 paar 301-bp-reads op te leveren. Het rangschikken van adapters werden bijgesneden Van Leest op-instrument om 196.3 Mbp van opeenvolging, met een benaderende genoomdekking van 42×te produceren. De leeskwaliteit van Illumina werd geëvalueerd met behulp van FastQC v0. 11.2 (5). Om vals-positieve variantaanroepen in uitlijningen te minimaliseren, werd er geen kwaliteitscorrectie van Illumina-reads uitgevoerd (6).

het genoom werd samengesteld met nanopore reads die Q-score filtering passeerden met behulp van Flye v2. 6 om een enkel 4,30-Mb contig te genereren (7). Illumina reads met Adapter werden uitgelijnd op de assemblage met behulp van BWA v0. 7.17, en assemblagefouten werden gecorrigeerd met behulp van Pilon v1.23 met een –mindepth instelling van 0,1 (8, 9). Seriële uitlijning en Pilon correctie werden drie keer uitgevoerd totdat er geen verdere montage correcties werden gegenereerd. Aangepaste software (Pilon Tools v0. 1) (https://github.com/egonozer/pilon_tools) werd gebruikt om eventuele resterende homopolymeermontagefouten te identificeren, handmatig te beoordelen en te corrigeren. Circulatiepomp v1. 5.5 werd gebruikt om circularisatie van het chromosoom te verzekeren door overlappende einden te trimmen en aan het begin van het dnaa-gen te roteren (10). De uiteindelijke assemblage is een enkele chromosomale sequentie met een lengte van 4,718,906 bp en een GC-gehalte van 43,6%. Annotatie werd uitgevoerd met behulp van de NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) v4.11 (11, 12).