Conformationele verandering
veel biofysische technieken zoals kristallografie, NMR, elektronparamagnetische resonantie (EPR) met behulp van spin-labeltechnieken, circulaire dichroïsme (CD), waterstofuitwisseling en FRET kunnen worden gebruikt om macromoleculaire conformationele verandering te bestuderen. Dual polarisatie interferometrie is een benchtop techniek die in staat is om conformationele veranderingen in biomoleculen in realtime met een zeer hoge resolutie te meten.
een specifieke niet-lineaire optische techniek genaamd tweede harmonische generatie (SHG) is onlangs toegepast op de studie van conformationele verandering in eiwitten. In deze methode, wordt een Tweede-harmonisch-actieve sonde geplaatst bij een plaats die beweging in de proteã ne door mutagenese of niet plaats-specifieke gehechtheid ondergaat, en de proteã ne wordt geadsorbeerd of specifiek geà mmobiliseerd aan een oppervlakte. Een verandering in eiwitbouw veroorzaakt een verandering in de netto oriëntatie van de kleurstof ten opzichte van het oppervlaktevlak en daarom de intensiteit van de tweede harmonische straal. In een eiwitsteekproef met een welomschreven oriëntatie, kan de hellingshoek van de sonde kwantitatief worden bepaald, in echte ruimte en in echte tijd. Tweede-harmonisch-actieve onnatuurlijke aminozuren kunnen ook als sondes worden gebruikt.
een andere methode is het toepassen van elektro-schakelbare biosurfaces waarbij eiwitten worden geplaatst bovenop korte DNA-moleculen die vervolgens door een bufferoplossing worden gesleept door toepassing van afwisselend elektrisch potentieel. Door het meten van hun snelheid die uiteindelijk afhangt van hun hydrodynamische wrijving, kunnen conformationele veranderingen worden gevisualiseerd.
