Genetische Analyse van een Poliovirus/Hepatitis-C-Virus (HCV), Chimera: Interactie tussen het Poliovirus, Klaverblad en een Volgorde in de HCV 5′ Nontranslated Regio Resulteert in een Replicatie Fenotype
ABSTRACTE
Interne ribosomaal vermelding sites (IRESs) kan functioneren in een vreemde virale genoom of in kunstmatige dicistronic mRNAs. We beschrijven een interactie tussen de wild-type hepatitis C virus (HCV)-specifieke sequentie en het poliovirus (PV) 5′-terminaal Klaverblad in een PV/HCV chimerisch virus (dat de HCV IRES bevat), wat resulteert in een replicatie fenotype. Hetzij een puntmutatie bij nucleotide (nt) 29 of een deletie tot nt 40 in het niet-vertaalde gebied van HCV 5′ verlichtte het replicatieblok, waardoor PV/HCV-varianten repliceerden naar hoge titers. De toevallige nog verlammende interactie tussen IRES en omringend heterologe RNA moet worden overwogen wanneer op IRES-gebaseerde dicistronic uitdrukkingsvectoren worden geconstrueerd.
alle genomen van het picornavirus bevatten een genetisch element genaamd de internal ribosomal entry site (IRES) dat de vertaling van virale genomische mRNA’ s op een 5 ‘ – en cap-onafhankelijke manier mogelijk maakt (5, 12, 13, 16, 20, 25). Soortgelijke genetische elementen zijn ook ontdekt in genomen van Hepatitis C-virus (HCV) (24), een Hepacivirus, en boviene virale diarree virus (21), een Pestivirus, van de Flaviviridae familie. IRESs bevindt zich in het 5′-terminale segment van de genomen, waar zij de initiatie van polyproteïnesynthese controleren. Bepaalde insecten RNA virussen, B. V., Plautia staliintestine virus, echter, zijn uitzonderlijk in die zin dat hun verwante IRES Kaarten enkele duizenden nucleotiden stroomafwaarts van de 5’ einde van het genoom, scheiden twee cistrons coderen twee verschillende polyproteïnen (23). Het is interessant dat we eerder een dicistronisch poliovirus (PV) hebben ontwikkeld door de IRES van het encefalomyocarditisvirus in te brengen in het coderingsgebied van het PV-polyproteïne (16). De genetische organisatie van deze dicistronische PV, die codeert voor twee polyproteïnen gescheiden door een IRES-element, lijkt sterk op die van P. stali darmvirus.
IRES-elementen worden gedefinieerd door functie en niet door nucleotidesequentie. Inderdaad, de IRESs van PV, een picornavirus, en HCV, een flavivirus, hebben weinig tot geen sequentie gemeen, maar beide functioneren als promotors van interne ribosomale ingang voor initiatie van vertaling. Dit verschijnsel komt het meest voor bij chimerische PV / HCV virussen waarbij de verwante PV IRES zijn uitgewisseld met die van HCV (15, 28). Onverwacht bevat de HCV IRES een sequentie stroomafwaarts van het AUG-codon dat zijn polyprotein initieert (15, 22). Bij het construeren van een levensvatbaar PV/HCV chimerisch virus was een deel van de kerneiwitcodeersequentie nodig om een levensvatbaar virus te verkrijgen (Fig.1, ΔCore) (15). De ΔCore-sequentie leidt tot de vorming van een ΔCore / PV-fusiepolyproteïne dat door splitsing door het PV-virale proteïnase 2Apro bij de ΔCore*1A-junctie moet worden verwerkt (Fig. 1) (28). Voor de functie van de HCV-IRES in P/H710-d17* is de productie van peptiden die zijn gecodeerd met een kernsequentie als gevolg van de vertaling van de ΔCore-sequentie echter niet nodig (28). (In eerdere studies werd P/H710-d17 aangeduid als P/H701-2A omdat het chimerische genoom de HCV-specifieke sequentie van nucleotiden 18 tot 710 van het HCV-genoom bevatte . De nummering van het niet-vertaalde HCV 5′ – gebied in dit document komt overeen met de nummering van het volledige HCV 5 ‘ NTR .)
