Identificatie en karakterisering van citrus gele ader clearing-virus, een vermeende nieuwe lid van het geslacht Mandarivirus
Moleculaire kenmerken en genomische organisatie werden bepaald voor Citrus gele ader clearing-virus (CYVCV), de vermeende virale causale agent van geel ader clearing ziekte van citroenbomen, gerapporteerd in Pakistan, India, en meer recent in Turkije en China. CYVCV isolaat Y1 Uit Adana, Turkije, werd gebruikt voor de diepe sequencing analyse van de virus-geïnduceerde kleine RNA fracties en voor mechanische en entinoculatie van kruidachtige en citrusindicator planten. Een polyklonaal antiserum werd ontwikkeld uit CYVCV-Y1 gezuiverd uit Phaseolus vulgaris en gebruikt in westelijke vlekanalyses om de vachtproteã ne van CYVCV-Y1 te karakteriseren en zijn serologische relatie met verwante virussen te bepalen. Contigs samengesteld uit de Illumina sequenced korte reads werden gebruikt om het gehele genoom van Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV) te construeren, bestaande uit een positief-betekenisrna van 7.529 nucleotiden en die zes voorspelde open leesframes bevatten. De genoomorganisatie en grootte van CYVCV leken op die van flexivirussen, en de zoektocht naar sequentiehomologieën onthulde dat het Indische citrus ringspotvirus (Icrsv) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) het meest verwante virus is. CYVCV had echter een totale nucleotidesequentie-identiteit van ≈74% met ICRSV. Hoewel de twee virussen vergelijkbaar waren met betrekking tot genoomorganisatie, virusdeeltjes en het kruidachtige gastheerbereik, veroorzaakte CYVCV verschillende symptomen bij citrus en was serologisch verschillend van ICRSV. Primerparen werden ontworpen en gebruikt om het virus te detecteren door conventionele en kwantitatieve omgekeerde transcriptie-polymerasekettingreactie op gele vein clearing symptomatische veldbomen evenals ent – en mechanisch geënte waardplanten. Gezamenlijk suggereren deze gegevens dat CYVCV het oorzakelijke agens is van de ziekte van gele vein clearing en een nieuwe soort vertegenwoordigt in het geslacht Mandarivirus.
