outputformaat
op de resultaatpagina worden voor elke queryreeks de naam, de lengte en de oorspronkelijke netwerkoutputscore weergegeven waarop de cTP/niet-cTP-toewijzing is gebaseerd. Hoe hoger de score, des te zekerder is het netwerkdat deze sequentie een n-terminaal chloroplast transit peptide (cTP) bevat.Een potentiële cTP lengte zal ook worden gepresenteerd, samen met de bijbehorende decleavage site score. Houd er rekening mee dat de voorspelling van de transitpeptidelengte wordt uitgevoerd, zelfs als de aanwezigheid ervan niet wordt voorspeld.Het doel is om in grensgevallen maximale informatie te verstrekken.
Als “gedetailleerde uitvoer” wordt gekozen, zal ook de neurale netwerkscore voor elke Residue worden weergegeven. Hoe hoger deze score, hoe zekerder is het netwerk dat deze residu deel uitmaakt van een cTP. Een afgeleide van de networkscore wordt ook gepresenteerd. Deze score wordt gebruikt voor het vinden van het gebied waar naar de splitsingsplaats wordt gezocht – namelijk tussen de 40 residu ‘ s rondom desidue met de hoogste afgeleide score. Tot slot wordt de splitsingsscore(CS-score) weergegeven voor elk residu. Deze score wordt berekend op basis van ascoring matrix afgeleid van een automatisch motif finding algoritme genaamd MEME. De splitsingsscore is zo gedefinieerd dat de voorspelde splitsingsplaats directlyN-terminal is van het hoogst scorende residu binnen de 40 residu ‘ s. Er kunnen dus één of meerdere CS-scores bestaan die groter zijn dan de voorgestelde cTP-lengte, maar omdat ze zich buiten de 40 residues rond de hoogste afgeleide score bevinden, is de gepresenteerde cTP-lengte nog steeds wat ChloroP beschouwt als de meest waarschijnlijke voorafvolgingslengte (dwz. correspondeert met de meest waarschijnlijke decolletéplaats).
