Genómica computacional
as raízes da genómica computacional são partilhadas com as da Bioinformática. Durante a década de 1960, Margaret Dayhoff e outros da National Biomedical Research Foundation montaram bases de dados de sequências homólogas de proteínas para estudo evolutivo. Sua pesquisa desenvolveu uma árvore filogenética que determinou as mudanças evolutivas que eram necessárias para que uma determinada proteína se transformasse em outra proteína baseada nas sequências de aminoácidos subjacentes. Isto levou-os a criar uma matriz de pontuação que avaliou a probabilidade de uma proteína estar relacionada com outra.
a partir da década de 1980, bases de dados de sequências de genoma começaram a ser gravadas, mas isso apresentou novos desafios na forma de pesquisa e comparação das bases de dados de informação genética. Ao contrário de algoritmos de busca de texto que são usados em sites como Google ou Wikipedia, a busca por seções de similaridade genética requer que se encontre cadeias que não são simplesmente idênticas, mas similares. This led to the development of the Needleman-Wunsch algorithm, which is a dynamic programming algorithm for comparing sets of amino acid sequences with each other by using scoring matrices derived from the earlier research by Dayhoff. Mais tarde, o algoritmo BLAST foi desenvolvido para realizar pesquisas rápidas e otimizadas de bases de dados de sequência de genes. BLAST e seus derivados são provavelmente os algoritmos mais utilizados para este propósito.
a emergência da frase “genómica computacional” coincide com a disponibilidade de genomas sequenciados completos em meados da década de 1990. A primeira reunião da Conferência Anual sobre Genômica Computacional foi organizada por cientistas Do Institute for Genomic Research (TIGR), em 1998, fornecendo um fórum para esta especialidade e eficaz de distinguir esta área da ciência mais geral de campos de Genômica ou Biologia Computacional. O primeiro uso deste termo na literatura científica, de acordo com os resumos MEDLINE, foi apenas um ano antes na pesquisa de ácidos nucleicos. A última conferência de Genômica computacional foi realizada em 2006, com uma palestra do Nobel Barry Marshall, co-descobridor da ligação entre Helicobacter pylori e úlceras de estômago. A partir de 2014, As principais conferências no campo incluem sistemas inteligentes de Biologia Molecular (ISMB) e Pesquisa em Biologia Molecular computacional (RECOMB).
o desenvolvimento da matemática assistida por computador (usando produtos como Mathematica ou Matlab) tem ajudado engenheiros, matemáticos e cientistas da computação a começar a operar neste domínio, e uma coleção pública de estudos de casos e demonstrações está crescendo, variando de comparações de genoma inteiro à análise de expressão de genes. Isso aumentou a introdução de diferentes ideias, incluindo conceitos de sistemas e controle, teoria da Informação, Análise de cordas e Mineração de dados. Prevê-se que as abordagens computacionais se tornem e continuem a ser um tópico padrão para pesquisa e ensino, enquanto os alunos fluentes em ambos os tópicos começam a ser formados nos múltiplos cursos criados nos últimos anos.
