O Genoma completo Sequência de Collinsella aerofaciens Isolada do Intestino de um Saudável Indiano Assunto | Jiotower

GENOMA ANÚNCIO

A bactéria Collinsella aerofaciens é bem conhecido por sua capacidade de fermentar um intervalo de origem vegetal e animal hidratos de carbono e para a produção de H2, etanol, ácidos graxos de cadeia curta, e os níveis de lactato no cólon humano (1). C. aerofaciens é o principal utilizador de lactose no cólon humano. Vários estudos demonstraram que o Collinsella e o Bifidobacterium podem modificar os ácidos biliares hospedeiros para modular a virulência e patogenicidade dos agentes patogénicos entéricos (2). Recentemente, foi relatado que uma abundância alterada de Colinsella também pode influenciar os níveis de colesterol plasmático do hospedeiro (3). Para compreender a importância de C. aerofaciens na saúde e na doença, é importante explorar o seu repertório genómico e identificar funções que possam influenciar a fisiologia do hospedeiro.

no presente estudo, C. aerofaciens estirpe indica foi isolada a partir de uma amostra fecal de um indivíduo Indiano adulto saudável. Uma amostra fecal de aproximadamente 500 mg foi ressuspendida em 1 ml de solução salina tampão de fosfato (PBS), diluída serialmente no mesmo tampão e revestida numa placa de ágar de soja Tripticase pré-reduzida (pH 7.3) suplementada com 5% (vol/vol) de sangue de ovino desfibrado. As células bacterianas foram espalhadas sobre a superfície das placas usando quatro ou cinco contas de vidro (3,00 mm). As placas foram incubadas por 48 h a 37 ° C em uma estação de trabalho anaeróbica (Whitley DG250) cheia com 80% N2, 10% CO2 e 10% H2. Uma única colónia de C. o aerofaciens foi cultivado em 5 ml de caldo de soja tríptico (TSB) durante 48 h. O Crescimento das células em TSB foi monitorizado por espectrofotómetro. C. As células aerofacienas foram colhidas a partir de 2 ml de cultura por centrifugação (8000 × g durante 3 min) e o ADN genómico foi extraído pelo método THSTI (4).

a sequenciação de todo o genoma de C. aerofaciens foi realizada utilizando duas plataformas diferentes de sequenciamento de DNA, as de Illumina (sistema HiSeq 2500) e Oxford Nanopore Technologies (MinION). A ferramenta SPAdes foi usada para montar leituras longas corrigidas por erro e leituras de ilumina, que geraram um único contig. A sequência completa do genoma de C. aerofaciens foi avaliada pela sequenciação de Sanger. O genoma completo da estirpe indica de C. aerofaciens tem 2,306,349 bp de comprimento, com um teor de 60,1% de GC.

The analysis of the 2,30-Mb genome sequence of C. aerofaciens identified 1,995 genes, including 75 RNA-encoding genes. O genoma tem 276 subsistemas e é enriquecido com funções metabólicas de proteína (231 quadros de leitura aberta ), carboidrato (226 ORFs), aminoácido (200 ORFs), cofactor e vitamina (102 ORFs). O genoma de C. aerofaciens é também enriquecido com funções metabólicas de ácidos gordos, lípidos e isoprenóides (56 ORFs). No entanto, o genoma de C. aerofaciens tem vários genes de Resistência a antibióticos, tais como a β-lactamase, a resistência às tetraciclinas e funções de protecção dos ribossomas, e bombas de efluxo de Resistência a múltiplos fármacos, mas não foi detectado nenhum gene para a subcategoria de virulência, patogenicidade e desenvolvimento de doenças. A sequência completa do genoma da estirpe indica De C. aerofaciens contribuirá para uma melhor compreensão da biologia da comensal e da Base molecular da sua dominância no intestino dos indivíduos indianos.