3.6. Gene cu transcrieri și cu nume identice raportate ca având 0 contează chiar și cu mapate citește

home software-ul CLC: Notificări importante probleme de la Olt care afectează numai versiunile de produse lansate înainte de iunie 2017 gene de la Olt cu transcrieri și cu nume identice raportate ca având 0 numere chiar și cu mapate citește

problema

atunci când rulează instrumentul ARN-Seq folosind referințe bazate pe piste și

• folosind opțiunea “genomuri adnotate cu gene și transcrieri” și
• două sau mai multe gene același nume și
• o transcriere ar putea fi atribuită fiecăreia dintre aceste gene din pista ARNm

apoi valoarea din coloana “transcrieri adnotate” din pista GE și în pista TE a fost 0, și toate contează pentru astfel de gene au fost raportate ca zero, chiar și atunci când au existat citește cartografiere pentru a le.

ce software și versiuni sunt afectate?

această problemă afectează:

ce versiuni de software sunt fixate?

această problemă este rezolvată în CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 și CLC Genomics Server 8.0.1, lansat pe 9 iunie 2016.

de asemenea, a fost abordată în linia de lansare anterioară: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3 și CLC Genomics Server 7.5.3, lansat pe 16 iunie 2016.

notele de lansare care descriu remedierea acestei probleme pot fi găsite pe cele mai recente pagini de îmbunătățiri pentru fiecare produs. Această remediere specială este descrisă după cum urmează:

s-a rezolvat o problemă cu instrumentul de analiză ARN-Seq care ar putea apărea atunci când a fost aleasă opțiunea “genomi adnotați cu gene și transcrieri”: dacă două sau mai multe gene aveau același nume și o transcriere putea fi atribuită fiecăruia din pista ARNm, atunci valoarea din coloana “Transcrieri adnotate” din pista GE și din pista TE era 0. Mai mult, toate numărările pentru astfel de gene au fost raportate ca zero, chiar și atunci când au existat citiri care le-au fost cartografiate.

Cum pot verifica dacă analiza ARN-Seq a fost afectată de această problemă?

pentru a afla dacă analiza dvs. este afectată:

• Sortați tabelul te track din coloană:” Transcrieri adnotate”
• orice Transcrieri care au 0 în această coloană sunt afectate. Toate celelalte transcrieri nu sunt afectate de acest bug.

eroarea a fost prezentă într-un stadiu foarte târziu în execuția algoritmului ARN-Seq, când rezultatele calculului au fost introduse în tabel. Calculele de bază au fost efectuate corect, dar valorile pentru numele genelor duplicate au fost excluse. Valorile diferite de zero care au intrat în tabel sunt corecte și nu se vor schimba odată cu remedierea.

în timp ce transcrierile cu 0 în coloana “Transcrieri adnotate” (transcrieri afectate) vor fi adesea văzute atunci când se utilizează versiunile software afectate în condițiile de analiză descrise mai sus, nu anticipăm că va fi necesară reluarea analizelor în majoritatea cazurilor. Doar un număr foarte mic de gene/transcrieri ar fi în general afectate și este posibil ca acestea să nu fie gene de interes pentru analiză. De exemplu, în multe cazuri, genele au dat același cod de nume pentru ARNr, snoRNA și alte ARNr diverse, mai degrabă decât ARNm.
dacă vedeți transcrieri afectate asociate cu gene de interes potențial, vă recomandăm să reluați analiza utilizând o versiune a software-ului care include o soluție pentru această problemă.