analiza genetică a unui virus Poliovirus/hepatita C (VHC) himeră: interacțiunea dintre trifoiul Poliovirus și o secvență din regiunea netradusă a VHC 5′ are ca rezultat un fenotip de replicare
rezumat
situsurile de intrare ribozomale interne (IRESS) pot funcționa în genomi virali străini sau în ARNm Dicistronic artificial. Descriem o interacțiune între secvența specifică a virusului hepatitei C de tip sălbatic (VHC) și trifoiul 5′-terminal al poliovirusului (PV) într-un virus himeric PV/VHC (care conține IRES VHC), rezultând un fenotip de replicare. Fie o mutație punctuală la nucleotidă (nt) 29, fie o deleție până la nt 40 în regiunea netradusă VHC 5′ a ușurat blocul de replicare, producând variante PV/VHC care se reproduc la titruri ridicate. Interacțiuni fortuite, dar paralizante, între un IRES și ARN heterolog înconjurător trebuie luate în considerare atunci când sunt construiți vectori de Expresie dicistronică pe bază de IRES.
toate genomurile picornavirus conțin un element genetic numit situsul de intrare ribozomal intern (IRES) care permite traducerea ARNm genomice virale într – o manieră independentă de 5′ și cap (5, 12, 13, 16, 20, 25). Elemente genetice similare au fost descoperite și în genomii virusului hepatitei C (VHC) (24), un Hepacivirus și virusul diareei virale Bovine (21), un Pestivirus, din familia Flaviviridae. IRESs sunt situate în segmentul 5 ‘ – terminal al genomilor, unde controlează inițierea sintezei poliproteinelor. Anumite virusuri ARN de insecte, de exemplu, virusul Plautia staliintestine, cu toate acestea, sunt excepționale prin faptul că IRES-urile lor înrudite mapează câteva mii de nucleotide în aval de capătul 5’ al genomului, separând doi cistroni care codifică două poliproteine diferite (23). Este interesant faptul că am proiectat anterior un poliovirus dicistronic (PV) prin introducerea IRES a virusului encefalomiocarditei în regiunea de codificare a poliproteinei PV (16). Organizarea genetică a acestui PV dicistronic, care codifică două poliproteine separate de un element IRES, seamănă foarte mult cu cea a virusului intestinului P. stali.
elementele IRES sunt definite prin funcție și nu prin secvența nucleotidică. Într-adevăr, IRESs de PV, un picornavirus, și HCV, un flavivirus, au puțin dacă orice secvență în comun, dar ambele funcționează ca promotori ai intrării ribozomale interne pentru inițierea traducerii. Acest fenomen este cel mai evident în virusurile PV/VHC himerice în care IRES-urile PV înrudite au fost schimbate cu cele ale VHC (15, 28). În mod neașteptat, IRES HCV include o secvență în aval de codonul AUG care inițiază poliproteina (15, 22). În construirea unui virus himeric PV/VHC viabil, o porțiune din secvența de codificare a proteinelor de bază a fost necesară pentru a obține un virus viabil (Fig.1, Inoxcore) (15). Secventa de Xvcore conduce la formarea unei poliproteine de fuziune de tip Xvcore / PV care trebuie prelucrata prin scindare de catre proteinaza virala PV 2Apro la jonctiunea de tip Xixcore*1a (Fig. 1) (28). Cu toate acestea, producția de peptide codificate în secvența de bază care rezultă din traducerea secvenței de tip Inqccore nu este necesară pentru funcția IRES VHC în P/H710-d17* (28). (În studiile anterioare, P/H710-d17 a fost desemnat P / H701-2a deoarece genomul himeric conținea secvența specifică VHC de la nucleotidele 18 la 710 ale genomului VHC . Numerotarea regiunii netraduse HCV 5 ‘din această lucrare este conformă cu numerotarea regiunii HCV 5’ ntr de lungime întreagă .)
