Captarea conformației cromozomiale

introducere

captarea conformației cromozomiale (3C) este o tehnică utilizată pentru a detecta organizarea spațială a ADN-ului cromozomial în celulele fixe. Secvențele ADN în proximitatea spațială în nucleu sau angajate în interacțiuni fizice (cum ar fi cele dintre gene și elemente de reglementare) pot fi evaluate cantitativ pentru a oferi o măsură care să reflecte potențial frecvența lor de asociere și/sau apropierea lor. 3C poate fi utilizat pentru a studia interacțiunile pe distanțe lungi între secvențele ADN de pe același cromozom (intracromozomal) sau între cromozomi diferiți (interchromozomal). Pe scurt, fragmentele de cromatină din proximitate sunt fixate cu formaldehidă, urmată de digestia cu enzime de restricție, Liza nucleară, diluarea complexelor reticulate și ligarea intramoleculară. Legăturile încrucișate sunt ulterior îndepărtate și ADN-ul este purificat. Reacția în lanț a polimerazei (PCR) este apoi utilizată pentru a amplifica fragmente de ADN care conțin joncțiuni de ligare noi folosind primeri specifici pentru o pereche de secvențe de ADN investigate. Aici descriem un protocol 3C detaliat și controale experimentale care pot fi aplicate pentru a investiga juxtapunerea nucleară a oricăror două regiuni genomice, în cis sau trans.