care este diferența dintre o substanță și un compus din PubChem?

utilizatorii PubChem întreabă uneori despre diferența dintre o substanță și un compus. Întrebarea nu este surprinzătoare, deoarece denumirile “substanță” și “compus” singure nu transmit în mod inerent diferența. În terminologia PubChem, o substanță este o descriere a eșantionului chimic furnizată de o singură sursă și un compus este o reprezentare normalizată a structurii chimice Găsită în una sau mai multe substanțe contribuite. Distincția este importantă, deoarece PubChem este organizat în trei baze de date separate: compus, substanță și Biotest. Diagrama de mai jos explică diferența, dar să explorăm acest lucru în continuare.

pentru a înțelege diferitele baze de date din PubChem, este util să știți de unde provin informațiile. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) este o arhivă deschisă de substanțe chimice și informații despre activitățile lor biologice. Datele sunt furnizate de sute de colaboratori (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/surse/), inclusiv editori, cercetători, furnizori de produse chimice, companii farmaceutice și o serie de resurse importante de biologie chimică. Fiecare dintre aceste surse de date contribuie cu o descriere a probelor de substanțe chimice pentru care au informații.

PubChem numește aceste descrieri de eșantioane furnizate de comunitate “substanțe.”Fiecare înregistrare Găsită în baza de date a substanțelor PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) conține informații furnizate de un contribuitor individual despre o anumită substanță chimică. Înregistrările substanțelor sunt independente una de cealaltă. Două înregistrări de substanțe diferite (de la aceiași furnizori sau diferiți) ar putea furniza informații diferite despre aceeași structură chimică. De exemplu, o înregistrare a substanței poate oferi informații despre rolul biologic al aspirinei, în timp ce alta poate oferi informații despre un eșantion de aspirină de cercetare. Baza de date privind substanțele menține proveniența informațiilor despre substanțele chimice din PubChem. Ajută utilizatorii să vadă cine a furnizat ce. Drept urmare, pot exista multe înregistrări de substanțe despre o moleculă dată, prezentând o problemă pentru utilizatorii care sunt interesați de o vizualizare agregată a informațiilor despre moleculă. Aici intră în joc baza de date compusă PubChem (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound).

baza de date a compușilor este derivată din conținutul structurii chimice găsit în baza de date a substanțelor. Fiecare substanță chimică este examinată computațional cu o serie de etape de validare și normalizare. Acest proces are ca rezultat o reprezentare normalizată a structurii chimice pentru o înregistrare a substanței. Substanțele chimice din Baza de date a substanțelor care nu sunt descrise complet sau care nu reușesc procedurile de normalizare nu sunt incluse în baza de date compusă. Acele substanțe din Baza de date a substanțelor care trec procedurile de normalizare a structurii chimice sunt legate de o înregistrare “compusă” din Baza de date compusă. Dacă două substanțe se referă la aceeași structură chimică, ele indică același compus. Acest lucru permite ca datele de la diferiți furnizori de date privind substanțele să fie agregate printr-o înregistrare comună compusă. Cu toate acestea, deținerea de înregistrări separate ale substanțelor este încă valoroasă pentru utilizatori, care, de exemplu, ar putea fi interesați de proveniența unei substanțe sau de o anumită stare a substanței chimice (de exemplu, o formă tautomerică diferită). În esență, un scop principal al bazei de date compuse PubChem este de a oferi o imagine “non-redundantă” a conținutului structurii chimice contribuite de deponenți stocat în baza de date a substanțelor PubChem.

deci, pentru a răspunde la întrebarea pusă la început, care este diferența dintre o substanță și un compus? O substanță este o descriere a eșantionului de substanțe chimice contribuite de la un anumit furnizor de date PubChem. Un compus este o reprezentare normalizată a structurii chimice găsită într-una sau mai multe descrieri ale substanțelor contribuite.

pentru a citi mai multe despre acest subiect, vă rugăm să luați în considerare explorarea acestor linkuri:

• ajutor PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ ajutor.html#PubChem_Overview)
• PubChem substanță/compus rezumat pagina de ajutor (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ documente/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).