ChIP-exo

ChIP-exo este o versiune specializată A ChIP folosit pentru a mapa foarte specific proteine de interes (POI) site-uri de legare în genom. ChIP-exo adaugă un pas suplimentar de digestie a ADN-ului la ChIP-seq. Când anticorpul este legat de complexul POI-cromatină, o exonuclează 3′ este utilizată pentru a digera ADN-ul care iese din situsul de legare a POI. Aceasta reduce rezoluția de la sute de nucleotide la doar una (Rhee și Pugh, 2012). Firele de 5 ‘ rămân și sunt utilizate pentru a detecta Regiunea prin microarray, PCR sau cel mai frecvent secvențiere.

avantajul major al acestei tehnologii este în mod clar creșterea rezoluției, dar reduce și zgomotul prin digerarea ADN-ului contaminant, prin urmare este necesară o adâncime mai mică de secvențiere (Rhee și Pugh, 2012). Datorită acestei sensibilități, ChIP-exo a fost folosit pentru a cartografia site-uri noi de inițiere transcripțională și alte studii bazate pe descoperiri (Venters și Pugh, 2013). Singurul dezavantaj real este că orice interacțiuni tridimensionale complexe ale proteinei sunt pierdute. De exemplu, dacă un factor de transcripție leagă simultan două regiuni genomice, acesta va fi citit ca două evenimente de legare distincte, nu unul.

recent, ChIP-exo a fost adaptat pentru a utiliza platforma comună de secvențiere Illumina. Această adaptare a depășit acutally ChIP-seq pe Illumina în toate valorile, și este special conceput pentru studii umane eficiente (Serandour et al., 2013).

ChIP-Exo Lectură suplimentară

Rhee, H. S., și Pugh, B. F. (2011). Interacțiuni cuprinzătoare la nivel de genom proteină-ADN detectate la rezoluție cu un singur nucleotid. Celula 147, 1408-1419.

această lucrare este din grupul care a dezvoltat ChIP-exo și descrie în detaliu fluxul de lucru al procesului. Autorii aplică, de asemenea, tehnologia pentru a caracteriza sties de legare a factorului de transcripție necunoscut anterior.

Lista de referință

• Rhee, H. S. și Pugh, B. F. (2012). Metoda ChIP-exo pentru identificarea localizării genomice a proteinelor care leagă ADN-ul cu precizie aproape de un singur nucleotid. Curr. Protocolul. Mol. Biol. Capitolul 21, Unitatea 21.24.
• Serandour, AA, Brown, GD, Cohen, JD și Carroll, JS (2013). Dezvoltarea unei metode bazate pe Illumina ChIP-exonuclează oferă o perspectivă asupra proprietăților de legare a ADN-ului FoxA1. Biol Genomului. 14, R147.
• Venters, B. J. și Pugh, B. F. (2013). Organizarea genomică a complexelor de inițiere a transcripției umane. Natură 502, 53-58.