Dr.Chittaranjan Das

principalul obiectiv al laboratorului nostru este de a înțelege rolul funcțional al enzimelor deubiquitinizante (deubiquitinaze sau DUBs) în căile celulare, în special cele implicate în neurodegenerare (pierderea treptată a neuronilor), cum ar fi boala Alzheimer (AD) și boala Parkinson (PD). O mare varietate de procese biologice sunt controlate de modificarea reversibilă, post-translațională a proteinelor prin atașarea covalentă a ubiquitinei, o polipeptidă eucariotă cu 76 de reziduuri foarte conservată. Ubiquitinarea poate fi considerată evenimentul de pornire al unei cascade de semnalizare (semnalizare ubiquitină) care este în cele din urmă încheiată prin îndepărtarea hidrolitică a etichetei ubiquitină de către un DUB. Un studiu al genomului uman relevă prezența a aproximativ 90 de DUBs, sugerând implicarea lor într-o mare varietate de căi biochimice. Abordarea noastră de a studia DUBs se bazează pe aplicarea combinată a unui număr de instrumente care includ sinteza chimică a sondelor cu molecule mici, cristalografia cu raze X și proteomica bazată pe spectrometrie de masă.

structura UCHL1 determinată prin cristalografie cu raze X sugerează că enzima poate adopta două stări, o stare inactivă (în care reziduurile catalitice sunt nealiniate, prezentate în stânga) și o stare activă presupusă – în care reziduurile sunt aduse în aliniere prin interacțiunea proteinei cu cofactori necunoscuți. O metodă propusă pentru identificarea cofactorilor UCHL1 prin purificarea bazată pe activitate din extracte de celule întregi (dreapta).

în prezent,investigăm funcția normală a hidrolazei neuronale ubiquitin C-terminală L1 (UCHL1)- o proteină specifică neuronului asociată cu PD, cu funcție fiziologică necunoscută. Eforturile noastre în această direcție vizează dezvoltarea inhibitorilor de molecule mici permeabili la celule ai UCHL1 care pot fi utilizați pentru a-și testa funcția (atât normală, cât și asociată bolii), determinarea partenerilor săi de legare prin purificarea pe bază de afinitate din extracte de celule întregi și definirea bazei moleculare a modului în care o variantă naturală a acestei enzime-în care Ser în poziția 18 este înlocuit de Tyr (numit polimorf S18Y) – oferă protecție împotriva bolii Parkinson (PD). În plus față de UCHL1, efectuăm, de asemenea, investigații structurale și mecaniciste ale altor enzime înrudite despre care se crede că sunt implicate în procesele biochimice fundamentale, cum ar fi repararea ADN-ului, modificarea histonei și endocitoza proteinelor membranei plasmatice.

Educație

• Doctorat., Institutul Indian de științe, 2001
• coleg Postdoctoral, Harvard Medical School și Universitatea Brandeis, 2006

recunoaștere

• Senior Research Fellowship, University Grants Commission, India , 1996

publicații

lista publicațiilor