Output format
pe pagina de rezultate, pentru fiecare secvență de interogare vor fi prezentate numele, lungimea și scorul de ieșire al rețelei neurale pe care se bazează atribuirea CTP/non-CTP. Cu cât scorul este mai mare, cu atât este mai sigur rețeacă această secvență conține o peptidă de tranzit cu cloroplast n-terminal (cTP).De asemenea, va fi prezentată o lungime CTP potențială, împreună cu scorul site-ului corespunzătorcleavage. Rețineți că predicția lungimii transitpeptidei se efectuează chiar dacă prezența acesteia nu este prevăzută.Scopul este de a furniza informații maxime în cazurile limită.
dacă se alege “ieșire detaliată”, va fi prezentat și scorul rețelei neuronale pentru eachresidue. Cu cât acest scor este mai mare, cu atât este mai sigurrețeaua că acest reziduu face parte dintr-un cTP. Un derivat al networkscore este, de asemenea, prezentat. Acest scor este utilizat pentru a găsi zona în care este căutat site – ul de curățare-și anume printre cele 40 de reziduuri care înconjoară locul cu cel mai mare scor derivat. În cele din urmă, scorul locului de scindare(CS-score) este prezentat pentru fiecare reziduu. Acest scor este calculat din matricea ascoring derivată dintr-un algoritm automat de găsire a motivelor numit MEME. Scorul clivajului este definit astfel încât locul de clivaj prevăzut să fie direct terminal al reziduului cu cel mai mare scor din cele 40 de reziduuri. Astfel, este posibil să existe unul sau mai multe scoruri CS care se întâmplă să fie mai mari decât scorul lungimii CTP propuse, dar din moment ce sunt situate în afara celor 40 de rezidențe în jurul celui mai mare scor derivat, lungimea CTP prezentată este în continuare ceea ce Clorop consideră ca fiind cea mai probabilă lungime de presequence(adică. cel mai probabil site-ul de clivaj).
