Secvența completă a genomului Collinsella aerofaciens izolată din intestinul unui subiect Indian sănătos | Jiotower

anunțarea genomului

bacteria Collinsella aerofaciens este bine cunoscută pentru capacitatea sa de a fermenta o serie de carbohidrați de origine vegetală și animală și pentru producerea de H2, etanol, acizi grași cu lanț scurt și lactat în colonul uman (1). C. aerofaciens este principalul utilizator al lactozei în colonul uman. Mai multe studii au demonstrat că Collinsella și Bifidobacterium pot modifica acizii biliari gazdă pentru a modula virulența și patogenitatea agenților patogeni enterici (2). Recent, sa raportat că o abundență modificată de Collinsella poate influența, de asemenea, nivelurile de colesterol din plasma gazdă (3). Pentru a înțelege importanța C. aerofaciens în sănătate și boli, este important să explorăm repertoriul său genomic și să identificăm funcțiile care pot influența fiziologia gazdei.

în studiul de față, C. tulpina aerofaciens indica a fost izolată dintr-o probă fecală a unui subiect Indian adult sănătos. O probă fecală de aproximativ 500 mg a fost omogenizată în 1 ml de soluție salină tamponată cu fosfat (PBS), diluată în serie în același tampon și placată pe o placă de agar de soia tripticază prereducată (pH 7,3) suplimentată cu 5% (vol/vol) defibrinat sânge de oaie. Celulele bacteriene au fost răspândite pe suprafața plăcilor folosind patru sau cinci margele de sticlă (3,00 mm). Plăcile au fost incubate timp de 48 de ore la 37 de ore C într-o stație de lucru anaerobă (Whitley DG250) umplută cu 80% N2, 10% CO2 și 10% H2. O singură colonie de C. aerofaciens a fost cultivat în 5 ml de bulion de soia triptică (TSB) timp de 48 de ore. creșterea celulelor din TSB a fost monitorizată prin spectrofotometru. Celulele C. aerofaciens s-au recoltat din 2 ml de cultură prin centrifugare (8.000 de centi g timp de 3 min), iar ADN-ul genomic a fost extras prin metoda THSTI (4).

secvențierea întregului genom al C. aerofaciens a fost realizată prin utilizarea a 2 platforme diferite de secvențiere a ADN-ului, cele de la Illumina (sistemul HiSeq 2500) și Oxford Nanopore Technologies (MinION). Instrumentul SPAdes a fost folosit pentru a asambla citiri lungi de nanopori corectate cu erori și citiri Illumina, care au generat un singur contig. Secvența genomului complet asamblat de C. aerofaciens a fost evaluată prin secvențierea Sanger. Genomul complet al tulpinii C. aerofaciens indica are o lungime de 2.306.349 bp, cu un conținut de GC de 60,1%.

analiza secvenței genomului de 2,30 Mb A C. aerofaciens a identificat 1.995 de gene, inclusiv 75 de gene care codifică ARN. Genomul are 276 de subsisteme și este îmbogățit cu proteine (231 cadre de citire deschise ), carbohidrați (226 ORFs), aminoacizi (200 ORFs), cofactor și vitamine (102 ORFs) funcții metabolice. Genomul C. aerofaciens este, de asemenea, îmbogățit cu acid gras, lipide și funcții metabolice izoprenoide (56 ORFs). Cu toate acestea, genomul C. aerofaciens are mai multe gene de rezistență la antibiotice, cum ar fi funcțiile de protecție la lactamază, rezistență la tetraciclină și ribozomi și pompe de eflux cu rezistență multidrog, dar nu a fost detectată nicio genă pentru subcategoria virulenței, patogenității și dezvoltării bolii. Secvența completă a genomului tulpinii C. aerofaciens indica va contribui la o mai bună înțelegere a biologiei bazei comensale și moleculare a dominanței sale în intestinul subiecților indieni.