secvența genomului complet al tulpinii Clostridium innocuum ATCC 14501

anunț

raportăm secvența genomului complet al tulpinii Clostridium innocuum ATCC 14501, care a fost identificată în 1962 după izolarea de un abces apendicular (1). A fost caracterizată ca o tijă Gram-pozitivă cu spori terminali. Coloniile aveau un diametru de 1,5 până la 2,5 mm, lucioase, albe, ridicate și nonhemolitice. Inocularea intraperitoneală a supernatantului de cultură la șoareci a fost nepatogenă. De atunci, C. innocuum a fost considerat un microorganism gastro-intestinal benign (1).

acum, potențialul patogen al C. innocuum este reconsiderat. Recent, Chia și colegii au raportat că C. innocuum este a doua specie clostridială cea mai frecventă care provoacă infecții extraintestinale (2) și este o cauză a unei infecții intestinale asemănătoare cu clostridioides difficile (3). Aceste izolate au fost rezistente la vancomicină, citotoxice la celulele Vero și HT-29 și enteropatogene la șoareci (3). Cu această reconsiderare a patogenității C. innocuum, este necesară secvența completă a genomului tulpinii ATCC 14501.

ADN-ul Genomic (gDNA) atât pentru bibliotecile Illumina, cât și pentru Nanopore a fost extras folosind kitul de izolare a ADN-ului bacteremia Biostică (Qiagen, Germantown, MD) dintr-o cultură peste noapte cultivată anaerobic în bulion de soia triptică la 37 C. bibliotecile de secvențiere cu citire lungă au fost preparate din gDNA neacoperite folosind kitul de secvențiere a ligării SQK-LSK109 (Oxford Nanopore, Marea Britanie) și secvențiate pe platforma MinION folosind o celulă de flux FLO-MIN106. Parametrii implicite au fost utilizate pentru toate software-ul dacă nu se specifică altfel. Guppy v3.4.5 a fost folosit pentru a baza citirile apelurilor cu modelul de înaltă precizie R9.4. 1 și pentru a efectua filtrarea calității citirii pe baza scorurilor Q, demultiplexarea și tăierea codurilor de bare. Acoperirea aproximativă a citirii a fost de 98 de la 19.646 de citiri în valoare totală de 460,0 Mbp. Valoarea N50 citită a fost de 22.933 nucleotide, iar valoarea L50 A fost de 7.784 citiri. Calitatea citirii Nanopore a fost evaluată utilizând pycoQC v2.5.0.21 (4).

bibliotecile de secvențiere cu citire scurtă au fost pregătite din gDNA folosind kitul Nextera XT (Illumina, San Diego, CA) și secvențiate pe platforma Illumina MiSeq folosind o celulă de flux v3 pentru a produce 482.327 perechi de 301-BP citește. Adaptoarele de secvențiere au fost tăiate de la citirile de pe instrument pentru a genera 196,3 Mbp de secvență,cu o acoperire aproximativă a genomului de 42 de centimetrii. Calitatea citirii Illumina a fost evaluată utilizând FastQC v0.11.2 (5). Pentru a minimiza apelurile de variante fals pozitive în alinieri, nu s-a efectuat nicio tăiere de calitate a citirilor Illumina (6).

genomul a fost asamblat cu citiri Nanopore care trec prin filtrarea scorului Q folosind Flye v2.6 pentru a genera un singur contig de 4,30 Mb (7). Citirile Illumina împodobite cu adaptor au fost aliniate la ansamblu folosind BWA v0.7.17, iar erorile de asamblare au fost corectate folosind Pilon v1. 23 cu o setare –mindepth de 0,1 (8, 9). Alinierea citirii în serie și corecția Pilonului au fost efectuate de trei ori până când nu au fost generate alte corecții de asamblare. Software-ul personalizat (Pilon Tools v0.1) (https://github.com/egonozer/pilon_tools) a fost utilizat pentru a identifica, evalua manual și corecta orice eroare reziduală de asamblare a homopolimerilor. Pompă de circulație v1. 5.5 a fost utilizat pentru a asigura circularizarea cromozomului prin tăierea capetelor suprapuse și rotirea la începutul genei dnaA (10). Ansamblul final este o singură secvență cromozomială cu o lungime de 4.718.906 bp și un conținut de GC de 43,6%. Adnotarea a fost efectuată utilizând conducta de adnotare a genomului procariot NCBI (PGAP) v4.11 (11, 12).