Komplett Genomsekvens av Collinsella aerofaciens isolerad från tarmen hos ett friskt indiskt ämne | Jiotower

GENOMMEDDELANDE

bakterien Collinsella aerofaciens är välkänd för sin förmåga att jäsa en rad kolhydrater av vegetabiliskt och animaliskt ursprung och för att producera H2, etanol, kortkedjiga fettsyror och laktat i humant kolon (1). C. aerofaciens är den största användningen av laktos i den mänskliga kolon. Flera studier visade att Collinsella och Bifidobacterium kan modifiera värdgallsyrorna för att modulera virulens och patogeniciteten hos enteriska patogener (2). Nyligen rapporterades det att en förändrad överflöd av Collinsella också kan påverka värdplasmakolesterolnivåer (3). För att förstå betydelsen av C. aerofaciens i hälsa och sjukdom är det viktigt att utforska sin genomiska repertoar och identifiera funktioner som potentiellt påverkar värdfysiologin.

i den aktuella studien, C. aerofaciens stam indica isolerades från ett fekalt prov av ett friskt vuxen indiskt ämne. Ett ungefärligt 500 mg fekalt prov resuspenderades i 1 ml fosfatbuffrad saltlösning (PBS), späddes seriellt i samma buffert och pläterades på en förinställd Tryptikas sojaagarplatta (pH 7.3) kompletterad med 5% (vol/vol) defibrinerat fårblod. Bakterieceller spreds över plattans yta med fyra eller fem glaspärlor (3,00 mm). Plattor inkuberades för 48 h vid 37 CCB i en anaerob arbetsstation (Whitley DG250) fylld med 80% N2, 10% CO2 och 10% H2. En enda koloni av C. aerofaciens odlades i 5 ml tryptisk sojabuljong (TSB) under 48 h. tillväxten av cellerna i TSB övervakades med spektrofotometer. C. aerofaciens-celler skördades från 2 ml odling genom centrifugering (8000 kg i 3 minuter) och det genomiska DNA extraherades med THSTI-metoden (4).

helgenomsekvenseringen av C. aerofaciens utfördes genom att använda 2 olika DNA-sekvenseringsplattformar, de från Illumina (HiSeq 2500-systemet) och Oxford Nanopore Technologies (MinION). SPAdes-verktyget användes för att montera felkorrigerad lång Nanopore läser och Illumina läser, vilket genererade en enda contig. Den sammansatta kompletta genomsekvensen av C. aerofaciens utvärderades genom Sanger-sekvensering. Det fullständiga genomet av C. aerofaciens stam indica är 2 306 349 bp i längd, med 60,1% GC-innehåll.

analysen av 2,30-Mb genomsekvensen av C. aerofaciens identifierade 1 995 gener, inklusive 75 RNA-kodande gener. Genomet har 276 delsystem och är berikat med protein (231 öppna läsramar ), kolhydrat (226 ORF), aminosyra (200 ORF), kofaktor och vitamin (102 ORF) metaboliska funktioner. C. aerofaciens genom är också berikat med fettsyra -, lipid-och isoprenoidmetaboliska funktioner (56 ORF). Emellertid har C. aerofaciens-genomet flera antibiotikaresistensgener, såsom t.ex. laktostas, tetracyklinresistens och ribosomskyddsfunktioner och utflödespumpar för multidrugsresistens, men ingen gen detekterades för underkategorin virulens, patogenicitet och sjukdomsutveckling. Den fullständiga genomsekvensen av C. aerofaciens stam indica kommer att bidra till en bättre förståelse av biologin hos kommensalen och den molekylära grunden för dess dominans i tarmen hos indiska ämnen.