3.6. Gene mit Transkripten und mit identischen Namen berichteten von 0 Zählungen, selbst wenn zugeordnete Lesevorgänge

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Das Problem

Beim Ausführen des RNA-Seq-Tools unter Verwendung von spurbasierten Referenzen und

• unter Verwendung der Option “Mit Genen und Transkripten kommentierte Genome” und
• Zwei oder mehr Gene hatten und
• jedem dieser Gene könnte ein Transkript aus der mRNA-Spur

zugewiesen werden, dann wird der Wert in der Spalte “Transkripte annotiert” in die GE-Spur und in der TE-Spur war 0, und alle Zählungen für solche Gene wurden als Null gemeldet, selbst wenn ihnen Lesevorgänge zugeordnet wurden.

Welche Software und Versionen sind betroffen?

Dieses Problem betrifft:

Welche Softwareversionen wurden behoben?

Dieses Problem wurde in CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 und CLC Genomics Server 8.0.1 behoben, die am 9. Juni 2016 veröffentlicht wurden.

Es wurde auch in der vorherigen Release-Zeile behandelt: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3 und CLC Genomics Server 7.5.3, veröffentlicht Juni 16, 2016.

Die Versionshinweise, die die Behebung dieses Problems beschreiben, finden Sie auf den Seiten mit den neuesten Verbesserungen für jedes Produkt. Dieser spezielle Fix wird wie folgt beschrieben:

Es wurde ein Problem mit dem RNA-Seq-Analysetool behoben, das auftreten konnte, wenn die Option “Mit Genen und Transkripten annotierte Genome” ausgewählt wurde: Wenn zwei oder mehr Gene denselben Namen hatten und jedem aus dem mRNA-Track ein Transkript zugewiesen werden konnte, war der Wert in der Spalte “Transkripte annotiert” in der GE-Spur und in der TE-Spur 0. Darüber hinaus wurden alle Zählungen für solche Gene als Null gemeldet, selbst wenn es keine Zuordnung zu ihnen gab.

Wie kann ich überprüfen, ob meine RNA-Seq-Analyse von dem Problem betroffen ist?

Um herauszufinden, ob Ihre Analyse Sie betrifft:

• Sortieren Sie die TE-Track-Tabelle nach der Spalte: “Transkripte mit Anmerkungen versehen”
• Alle Transkripte mit 0 in dieser Spalte sind betroffen. Alle anderen Transkripte sind von diesem Fehler nicht betroffen.

Der Fehler war zu einem sehr späten Zeitpunkt in der Ausführung des RNA-Seq-Algorithmus vorhanden, als die Berechnungsergebnisse in die Tabelle eingegeben wurden. Die zugrunde liegenden Berechnungen wurden korrekt durchgeführt, aber Werte für die duplizierten Gennamen wurden ausgeschlossen. Die Werte ungleich Null, die es in die Tabelle geschafft haben, sind korrekt und ändern sich mit dem Fix nicht.

Während Transkripte mit 0 in der Spalte “Transkripte mit Anmerkungen versehen” (betroffene Transkripte) häufig angezeigt werden, wenn die betroffenen Softwareversionen unter den oben beschriebenen Analysebedingungen verwendet werden, gehen wir nicht davon aus, dass es in den meisten Fällen erforderlich sein wird, Analysen erneut auszuführen. Im Allgemeinen wäre nur eine sehr kleine Anzahl von Genen / Transkripten betroffen, und dies sind möglicherweise keine Gene, die für die Analyse von Interesse sind. Zum Beispiel, in vielen Fällen, Gene mit dem gleichen Namen Code für rRNAs gegeben, snoRNA, und andere verschiedene RNAs, eher als mRNAs.
Wenn Sie betroffene Transkripte sehen, die mit Genen von potenziellem Interesse assoziiert sind, empfehlen wir, die Analyse erneut mit einer Version der Software auszuführen, die eine Lösung für dieses Problem enthält.