Ausgabeformat
Auf der Ergebnisseite werden für jede Abfragesequenz der Name, die Länge und dann die neurale Netzwerkausgabepunktzahl angezeigt, auf der die cTP / Nicht-cTP-Zuweisung basiert. Je höher die Punktzahl, desto sicherer ist das Netzwerkdass diese Sequenz ein N-terminales Chloroplasten-Transitpeptid (cTP) enthält.Eine mögliche cTP-Länge wird ebenfalls zusammen mit dem entsprechenden CTP-Site-Score dargestellt. Bitte beachten Sie, dass die Vorhersage des Transitspeptidlänge wird durchgeführt, auch wenn seine Anwesenheit nicht vorhergesagt wird.Ziel ist es, in Grenzfällen maximale Informationen bereitzustellen.
Wenn “Detaillierte Ausgabe” gewählt wird, wird auch der neuronale Netzwerk-Score für jeden Teilnehmer angezeigt. Je höher diese Punktzahl, desto sicherer istdas Netzwerk, dass dieser Rückstand Teil eines cTP ist. Ein Derivat des Networkscores wird ebenfalls vorgestellt. Diese Punktzahl wird verwendet, um den Bereich zu finden, in dem nach der Ablagerungsstelle gesucht wird – nämlich unter den 40 Rückständen, die das Gebiet umgeben, mit der höchsten abgeleiteten Punktzahl. Schließlich wird für jeden Rückstand der Spaltstellen-Score (CS-Score) dargestellt. Diese Punktzahl wird aus der Ascoring-Matrix berechnet, die von einem automatischen Motivfindungsalgorithmus namens MEME abgeleitet wurde. Der Cleavagesite-Score ist so definiert, dass die vorhergesagte Spaltstelle directlyN-terminal des höchsten Scoring-Restes innerhalb der 40 Reste ist. Somit kann es einen oder mehrere CS-Score (s) geben, die zufällig größer sind als der Score der vorgeschlagenen cTP-Länge, aber da sie sich außerhalb der 40 Residues um den höchsten derivativen Score befinden, ist die vorgestellte cTP-Länge immer noch das, was ChloroP als die wahrscheinlichste Vorsequenzlänge betrachtet (dh. b. entsprechend der wahrscheinlichsten Spaltstelle).
