Chromosom Conformation Capture

EINLEITUNG

Chromosom Conformation Capture (3C) ist eine Technik zum Nachweis der räumlichen Organisation chromosomaler DNA in fixierten Zellen. DNA-Sequenzen in räumlicher Nähe im Zellkern oder in physikalischen Wechselwirkungen (z. B. zwischen Genen und regulatorischen Elementen) können quantitativ bewertet werden, um ein Maß zu liefern, das möglicherweise ihre Assoziationshäufigkeit und / oder ihre Nähe widerspiegelt. 3C kann verwendet werden, um weitreichende Wechselwirkungen zwischen DNA-Sequenzen auf demselben Chromosom (intrachromosomal) oder zwischen verschiedenen Chromosomen (interchromosomal) zu untersuchen. Kurz gesagt, Chromatinfragmente in der Nähe werden mit Formaldehyd fixiert, gefolgt von Verdauung mit Restriktionsenzymen, Kernlyse, Verdünnung der vernetzten Komplexe und intramolekulare Ligation. Anschließend werden die Querverbindungen entfernt und die DNA gereinigt. Die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) wird dann verwendet, um DNA-Fragmente, die neuartige Ligationsübergänge enthalten, unter Verwendung von Primern zu amplifizieren, die für ein Paar von zu untersuchenden DNA-Sequenzen spezifisch sind. Hier beschreiben wir ein detailliertes 3C-Protokoll und experimentelle Kontrollen, die angewendet werden können, um das nukleare Nebeneinander von zwei beliebigen genomischen Regionen in cis oder trans zu untersuchen.