Cambio conformacional

Muchas técnicas biofísicas como cristalografía, RMN, resonancia paramagnética electrónica (EPR) utilizando técnicas de etiquetas de espín, dicroísmo circular (CD), intercambio de hidrógeno y TRASTE se pueden usar para estudiar el cambio conformacional macromolecular. La interferometría de polarización dual es una técnica de sobremesa capaz de medir cambios conformacionales en biomoléculas en tiempo real a muy alta resolución.

Una técnica óptica no lineal específica llamada generación de segundo armónico (SHG) se ha aplicado recientemente al estudio del cambio conformacional en proteínas. En este método, se coloca una sonda de segundo armónico activo en un sitio que experimenta movimiento en la proteína por mutagénesis o unión no específica del sitio, y la proteína se adsorbe o se inmoviliza específicamente a una superficie. Un cambio en la conformación de proteínas produce un cambio en la orientación neta del tinte en relación con el plano de superficie y, por lo tanto, en la intensidad del segundo haz armónico. En una muestra de proteína con una orientación bien definida, el ángulo de inclinación de la sonda se puede determinar cuantitativamente, en espacio real y en tiempo real. Los aminoácidos no naturales activos de segundo armónico también se pueden usar como sondas.

Otro método aplica biosuperficies electro-conmutables donde las proteínas se colocan encima de moléculas de ADN cortas que luego se arrastran a través de una solución tampón mediante la aplicación de potenciales eléctricos alternos. Al medir su velocidad, que en última instancia depende de su fricción hidrodinámica, se pueden visualizar cambios conformacionales.