Captura de Conformación cromosómica
INTRODUCCIÓN
La captura de conformación cromosómica (3C) es una técnica utilizada para detectar la organización espacial del ADN cromosómico en células fijas. Las secuencias de ADN en proximidad espacial en el núcleo o involucradas en interacciones físicas (como las entre genes y elementos reguladores) se pueden evaluar cuantitativamente para proporcionar una medida que refleje potencialmente su frecuencia de asociación y/o su proximidad. 3C se puede usar para estudiar interacciones de largo alcance entre secuencias de ADN en el mismo cromosoma (intracromosómico) o entre diferentes cromosomas (intercrromosómicos). Brevemente, los fragmentos de cromatina en proximidad se fijan con formaldehído, seguido de digestión con enzimas de restricción, lisis nuclear, dilución de los complejos reticulados y ligadura intramolecular. Posteriormente se eliminan los enlaces cruzados y se purifica el ADN. La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se utiliza entonces para amplificar fragmentos de ADN que contienen nuevas uniones de ligadura utilizando cebadores específicos para un par de secuencias de ADN bajo investigación. Aquí describimos un protocolo 3C detallado y controles experimentales que se pueden aplicar para investigar la yuxtaposición nuclear de dos regiones genómicas cualesquiera, en cis o trans.
