ChIP-exo

ChIP-exo es una versión especializada de ChIP que se utiliza para mapear de forma muy específica los sitios de unión de proteínas de interés (POI) en el genoma. ChIP-exo agrega un paso adicional de digestión de ADN a ChIP-seq. Cuando el anticuerpo se une al complejo de POI-cromatina, se utiliza una exonucleasa de 3′ para digerir el ADN que sobresale del sitio de unión del POI. Esto reduce la resolución de cientos de nucleótidos a tan solo uno (Rhee y Pugh, 2012). Las hebras de 5′ permanecen, y se utilizan para detectar la región mediante microarray, PCR o, más comúnmente, secuenciación.

La principal ventaja de esta tecnología es claramente su aumento en la resolución, pero también reduce el ruido al digerir el ADN contaminante, por lo que se necesita menos profundidad de secuenciación (Rhee y Pugh, 2012). Debido a esta sensibilidad, ChIP-exo se ha utilizado para mapear nuevos sitios de iniciación transcripcional y otros estudios basados en descubrimientos (Venters y Pugh, 2013). La única desventaja real es que cualquier interacción tridimensional compleja de la proteína se pierde. Por ejemplo, si un factor de transcripción une simultáneamente dos regiones genómicas, esto se leerá como dos eventos de unión distintos, no uno.

Recientemente, ChIP-exo se ha adaptado para utilizar la plataforma de secuenciación Illumina común. Esta adaptación superó en todas las métricas a ChIP-seq de Illumina, y está especialmente diseñada para estudios eficientes en humanos (Serandour et al., 2013).

Lectura adicional de ChIP-exo

Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2011). Interacciones Completas de Proteína y ADN en todo el Genoma Detectadas con Resolución de Nucleótido Único. Celda 147, 1408-1419.

Este documento es del grupo que desarrolló ChIP-exo y describe el flujo de trabajo del proceso en detalle. Los autores también aplican la tecnología para caracterizar orzuelos de unión con factores de transcripción previamente desconocidos.

Lista de referencia

• Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2012). Método ChIP-exo para identificar la ubicación genómica de proteínas de unión al ADN con precisión de nucleótido casi único. Curr. Protocolo. Mol. Biol. Capítulo 21, Unidad 21.24.
• Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., and Carroll, J. S. (2013). El desarrollo de un método de CHIP exonucleasa basado en Illumina proporciona información sobre las propiedades de unión al ADN de FoxA1. Genome Biol. 14, R147.
• Venters, B. J., and Pugh, B. F. (2013). Organización genómica de complejos de iniciación de transcripción humana. Nature 502, 53-58.