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La mayor interacción génica complementaria en la alfalfa autotetraploide (Medicago sativa L., 2n = 4x = 32) puede explicar las diferencias en el vigor y el comportamiento reproductivo entre diploides y autotetraploides. La interacción génica complementaria es una interacción génica no alélica o epistasis donde los alelos dominantes en los loci heterocigotos pueden complementarse entre sí enmascarando alelos recesivos en los loci respectivos. Este artículo describe cómo las segregaciones tetrasómicas de los bloques de ligadura en el desequilibrio de ligadura producen individuos y poblaciones tetraploides con mayor interacción génica complementaria de la que es posible a nivel diploide. Este hallazgo ayuda a explicar la superioridad autotetraploide y el comportamiento reproductivo único. La investigación sobre la acción de los genes en la alfalfa autotetraploide ha demostrado que los alelos favorables en los bloqueos de enlaces sustentan la mejora de la población y el aumento de la heterosis. Los alelos favorables individuales con efectos aditivos también contribuyen a las interacciones genéticas complementarias no aditivas en los bloques de enlace. Los efectos aparentes de interacción alélica múltiple (sobredominancia) discutidos en estudios anteriores, la depresión endogámica y la heterosis progresiva en alfalfa se deben principalmente al desequilibrio de enlace, que coincide con los hallazgos en el maíz. La grave depresión endogámica de los autotetraploides se debe principalmente a la rápida pérdida de interacciones genéticas complementarias en las primeras generaciones de endogamia. En consecuencia, la heterosis progresiva de los autotetraploides se debe principalmente a un aumento progresivo de las interacciones génicas complementarias. Las mayores interacciones génicas complementarias en la alfalfa tetraploide también ayudan a explicar las investigaciones recientes de ADN que indican que el rendimiento en los tetraploides es más sensible a la diversidad genética que en los diploides. Muchas diferencias entre alfalfa diploide y autotetraploide reportadas en estudios anteriores ahora pueden explicarse por diferencias inherentes en los niveles de interacciones genéticas complementarias.