Las cepas congénitas
Se generan en el laboratorio mediante el apareamiento de dos cepas endogámicas (generalmente ratas o ratones), y el cruce de los descendientes de 5 a 10 generaciones con una de las cepas originales, conocida como la cepa receptora. Por lo general, la selección de fenotipo o genotipo se realiza antes de cada generación cruzada. De esta manera, un fenotipo interesante, o una región cromosómica definida analizada por genotipo, se pasa de la cepa donante a un fondo de receptor de otro modo uniforme. Los ratones o ratas congénicos pueden compararse con la cepa receptora pura para determinar si son fenotípicamente diferentes si la selección fue para una región genotípica, o para identificar el locus genético crítico, si la selección fue para un fenotipo.
Los congéneres Speed se pueden producir en tan solo cinco generaciones cruzadas, a través de la selección en cada generación de descendientes que no solo retienen el fragmento cromosómico deseado, sino que también “pierden” la cantidad máxima de información genética de fondo de la cepa donante. Esto también se conoce como congéneres asistidos por marcadores, debido al uso de marcadores genéticos, típicamente marcadores de microsatélites, pero ahora, más comúnmente, marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). El proceso puede ser ayudado aún más por la superovulación de las hembras, para producir muchos más huevos.