3, 6. Geenit, joissa on transkriptioita ja joiden nimet ovat identtiset ja joiden on ilmoitettu olevan 0 lukua jopa kartoitetuilla lukemilla
Home →CLC-ohjelmisto: Tärkeät ilmoitukset →ongelmat, jotka koskevat vain ennen kesäkuuta 2017 julkaistuja tuoteversioita →geenejä, joilla on transkriptiot ja identtiset nimet, joilla on ilmoitettu olevan 0 lukua jopa kartoitetuilla lukemilla
kysymys
ajettaessa RNA-Seq-työkalua käyttäen raitapohjaisia viittauksia ja
- käyttämällä vaihtoehtoa “genomit, joihin on liitetty geenejä ja transkriptioita”, ja
- kahdella tai useammalla geenillä oli sama nimi, ja
- jokaiselle näistä geeneistä voitiin osoittaa transkriptio mRNA-raiteelta
sitten arvo “transkriptien annotated” – sarakkeessa GE-rata ja TE-rata oli 0, ja kaikki tällaisten geenien lukemat ilmoitettiin nollaksi, vaikka niihin oli lukukartoitus.
mitkä ohjelmat ja versiot vaikuttavat?
tämä kysymys koskee:
mitkä ohjelmistoversiot on korjattu?
tämä ongelma on korjattu CLC Genomics Workbench 9.0.1: ssä, biolääketieteen genomiikka Workbench 3.0.1: ssä ja CLC Genomics Server 8.0.1: ssä, jotka julkaistiin 9.kesäkuuta 2016.
sitä on käsitelty myös aiemmassa julkaisurivissä: CLC Genomics Workbench 8.5.3, biolääketieteellinen genomiikka Workbench 2.5.3 ja CLC Genomics Server 7.5.3, julkaistiin 16. kesäkuuta 2016.
julkaisutiedot tämän ongelman korjauksesta löytyvät kunkin tuotteen uusimmilta Parannussivuilta. Tämä erityinen korjaus on kuvattu seuraavasti:
korjattu RNA-Seq-analyysityökalun ongelma, joka voi syntyä, kun valittiin “genomit annotated with genes and transkripts” – vaihtoehto: jos kahdella tai useammalla geenillä oli sama nimi, ja transkriptio voitiin määrittää kullekin mRNA-radasta, niin arvo “transkriptit annotated” – sarakkeessa GE-radalla ja TE-radalla oli 0. Lisäksi kaikki tällaisten geenien lukemat ilmoitettiin nollaksi, vaikka niihin olisi tehty lukukartoitus.
Miten voin tarkistaa, onko asia vaikuttanut RNA-Seq-analyysiini?
selvittää, vaikuttaako analyysi sinuun:
- Lajittele TE-track-taulukko palstalla: “Selostukset merkittyinä”
- kaikki transkriptit, jotka ovat 0 tässä sarakkeessa vaikuttavat. Tämä vika ei vaikuta kaikkiin muihin selostuksiin.
vika oli hyvin myöhäisessä vaiheessa RNA-Seq-algoritmin toteutuksessa, jolloin laskentatulokset syötettiin taulukkoon. Taustalla olevat laskelmat tehtiin oikein,mutta kahdennettujen geeninimien arvot jätettiin pois. Nonzero-arvot, jotka tekivät sen taulukkoon, ovat oikeita eivätkä muutu korjauksen myötä.
vaikka “transkriptien annotated”-sarakkeessa (vaikuttavat transkriptit) olevat transkriptit ovat usein nähtävissä käytettäessä kyseisiä ohjelmistoversioita edellä kuvatuissa analysointiolosuhteissa, emme odota, että analyysejä on tarpeen suorittaa uudelleen useimmissa tapauksissa. Se vaikuttaa yleensä vain hyvin pieneen määrään geenejä / transkriptejä, eivätkä ne välttämättä ole analyysin kannalta kiinnostavia geenejä. Esimerkiksi monissa tapauksissa geenit annetaan sama nimi koodi rRNAs, snoRNA, ja muut sekalaiset RNAs, eikä mRNAs.
jos näet mahdollisesti kiinnostaviin geeneihin liittyviä transkriptejä, suosittelemme analyysin uudelleen ajamista käyttämällä ohjelmistoversiota, joka sisältää korjauksen tähän ongelmaan.
