ChIP-exo

ChIP-exo on sirun erikoisversio, jota käytetään hyvin tarkasti kartoittamaan kiinnostavien proteiinien (POI) sitoutumispaikkoja genomissa. ChIP-exo lisää ChIP-seq: iin ylimääräisen DNA-digestioaskeleen. Kun vasta-aine sitoutuu POI-kromatiinikompleksiin, käytetään 3′ – eksonukleaasia sulattamaan POI-sitoutumiskohdasta ulkonevaa DNA: ta. Tämä vähentää resoluutiota sadoista nukleotideista jopa yhteen (Rhee and Pugh, 2012). 5 ‘ – säikeet pysyvät, ja niitä käytetään alueen havaitsemiseen mikroarrayn, PCR: n tai yleisimmin sekvensoinnin avulla.

tämän tekniikan suurin etu on selvästi sen erotuskyvyn paraneminen, mutta se myös vähentää melua pilkkomalla kontaminoivaa DNA: ta, minkä vuoksi tarvitaan vähemmän sekvensointisyvyyttä (Rhee and Pugh, 2012). Tämän herkkyyden vuoksi ChIP-exoa on käytetty uusien transkriptioiden aloituspaikkojen ja muiden löytöpohjaisten tutkimusten kartoittamiseen (Venters and Pugh, 2013). Ainoa todellinen haitta on, että kaikki monimutkaiset kolmiulotteiset vuorovaikutukset proteiinin menetetään. Esimerkiksi jos transkriptiotekijä sitoo samanaikaisesti kahta genomialuetta, tämä luetaan kahdeksi erilliseksi sitovaksi tapahtumaksi, ei yhdeksi.

viime aikoina ChIP-exo on mukautettu käyttämään yhteistä Illumina-sekvensointialustaa. Tämä sopeutuminen terävästi päihitti ChIP-seq: n Illuminalla kaikissa mittareissa, ja se on suunniteltu erityisesti tehokkaisiin ihmistutkimuksiin (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo Additional Reading

Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2011). Kattava genomin laajuinen proteiini-DNA-vuorovaikutus, joka on havaittu yhden nukleotidin resoluutiolla. Selli 147, 1408-1419.

tämä paperi on ChIP-Exon kehittäneeltä ryhmältä ja kuvaa prosessin työnkulkua yksityiskohtaisesti. Kirjoittajat soveltavat tekniikkaa myös luonnehtimaan aiemmin tuntemattomia transkriptiokertoimen sitovia ominaisuuksia.

viiteluettelo

• Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2012). ChIP-exo-menetelmä DNA: ta sitovien proteiinien genomipaikan tunnistamiseksi lähes yksinukleotidin tarkkuudella. Kurr. Protokolla. Mol. Biol. Luku 21, Yksikkö 21.24.
• Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., and Carroll, J. S. (2013). Illumina-pohjaisen siru-eksonukleaasi-menetelmän kehittäminen antaa tietoa FoxA1-DNA: n sidontaominaisuuksista. Genomibiolia. 14, R147.
• Venters, B. J., and Pugh, B. F. (2013). Ihmisen transkription initiaatiokompleksien genomijärjestely. Luonto 502, 53-58.