Clostridium innocuum-kannan ATCC 14501 täydellinen Genomisekvenssi

ANNOUNCEMENT

raportoimme Clostridium innocuum-kannan ATCC 14501 täydellisen genomisekvenssin, joka tunnistettiin vuonna 1962 sen jälkeen, kun se oli eristetty appendiceal-paiseesta (1). Sitä luonnehdittiin grampositiiviseksi sauvaksi, jolla oli terminaalisia itiöitä. Pesäkkeet olivat halkaisijaltaan 1,5-2,5 mm, kiiltäviä, valkoisia, kohonneita ja ei-emolyyttisiä. Supernatanttiviljelmän Intraperitoneaalinen inokulaatio hiiriin ei ollut patogeeninen. Siitä lähtien C. innocuumia on pidetty hyvänlaatuisena ruoansulatuskanavan mikro-organismina (1).

nyt C. innocuumin patogeenisuutta arvioidaan uudelleen. Äskettäin Chia ja kollegat raportoivat, että C. innocuum on toiseksi yleisin clostridialaji, joka aiheuttaa suolen ulkopuolista infektiota (2) ja on syy clostridioides difficile-tyyppiseen suolistotulehdukseen (3). Nämä isolaatit olivat vankomysiinille resistenttejä, sytotoksisia Vero-ja HT-29-soluille ja enteropatogeenisia hiirillä (3). Kun C. innocuumin patogeenisuutta tarkastellaan uudelleen, tarvitaan kannan ATCC 14501 täydellinen genomisekvenssi.

genomi-DNA (gDNA) sekä Illumina-että Nanokirjastoissa uutettiin BiOstic bacteremia DNA isolation kit-pakkauksella (Qiagen, Germantown, MD) yön yli kestäneestä viljelmästä, jota kasvatettiin anaerobisesti tryptisessä soijaliemessä 37°C: n lämpötilassa.selli. Oletusparametreja käytettiin kaikissa ohjelmissa, ellei toisin mainita. Guppy v3.4.5: tä käytettiin puhelulukujen pohjana R9.4.1-tarkkuusmallilla ja lukulaadun suodattamiseen Q-pisteiden, demultiplexingin ja viivakoodin trimmauksen perusteella. Likimääräinen lukupeitto oli 98× 19 646 lukemasta yhteensä 460,0 Mbp. Lukuarvo N50 oli 22 933 nukleotidia ja L50-arvo 7 784 lukua. Nanopore-lukulaatu arvioitiin käyttämällä pycoQC v2: Ta.5.0.21 (4).

Short-read-sekvensointikirjastot valmistettiin gDNA: sta Nextera XT-paketilla (Illumina, San Diego, CA) ja sekvensoitiin Illumina MiSeq-alustalla käyttäen v3-virtauskennoa, jolloin saatiin 482 327 paria 301-bp lukemia. Sekvensointisovittimia karsittiin reads on-instrumentista tuottamaan 196,3 Mbp sekvenssiä, jonka likimääräinen genomikattavuus oli 42×. Illumina-lukulaatu arvioitiin fastqc v0.11.2 (5) – menetelmällä. Väärien positiivisten muunnoskutsujen minimoimiseksi suuntauksissa ei tehty Illumina-lukujen laadukasta trimmausta (6).

genomi koottiin Nanopore lukee läpi Q-pisteiden suodatus Flye v2.6 tuottaa yhden 4,30 Mb contig (7). Sovittimen Trimmatut Illumina-lukemat kohdistettiin kokoonpanoon käyttäen BWA v0.7.17: ää ja asennusvirheet korjattiin Pilon v1.23: lla –mindepth-asetuksella 0.1 (8, 9). Sarjalukusuuntaus ja Pilon-korjaus tehtiin kolme kertaa, kunnes kokoonpanokorjauksia ei enää syntynyt. Mukautettua ohjelmistoa (Pilon Tools v0.1) (https://github.com/egonozer/pilon_tools) käytettiin homopolymeerien kokoonpanovirheiden tunnistamiseen, manuaaliseen arviointiin ja korjaamiseen. Kiertovesipumppu v1. 5.5: tä käytettiin kromosomin kiertokulun varmistamiseen karsimalla päällekkäisiä päitä ja pyörimällä DNAa-geenin alkuun (10). Lopullinen kokoonpano on yksittäinen kromosomijakso, jonka pituus on 4 718 906 bp ja GC-pitoisuus 43,6%. Huomautus tehtiin käyttämällä NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (Pgap) v4.11 (11, 12).