csbphd
Computational and Systems Biology
the field of computational and systems biology represents a syntesis of ideas and approaches from the life sciences, physical sciences, computer science, and engineering. Viimeaikaiset edistysaskeleet biologiassa, mukaan lukien human genome project ja massiiviset rinnakkaiset lähestymistavat biologisten näytteiden tutkimiseen, ovat luoneet uusia mahdollisuuksia ymmärtää biologisia ongelmia järjestelmien näkökulmasta. Järjestelmien mallinnus ja suunnittelu ovat vakiintuneita tekniikan aloilla, mutta uudempia biologiassa. Laskennallisen ja systeemibiologian edistysaskeleet edellyttävät monitieteisiä tiimejä, joilla on taitoa soveltaa tekniikan ja tietojenkäsittelytieteen periaatteita ja työkaluja biologian ja lääketieteen ongelmien ratkaisemiseksi. Tarjota koulutusta tällä kehittyvällä alalla, Computational and Systems Biology (CSB) ohjelma integroi MIT: n maailmankuulu tieteenalojen biologia, tekniikka, matematiikka, ja tietojenkäsittelytiede. Valmistuneet ohjelman ovat ainutlaatuisen valmiita tekemään uusia löytöjä, kehittää uusia menetelmiä, ja luoda uusia paradigmoja. Heillä on myös hyvät edellytykset ottaa kriittisiä johtotehtäviä sekä akateemisessa maailmassa että teollisuudessa, jossa tämä ala on yhä tärkeämpi.
CSB MIT: ssä
laskennallinen ja systeemibiologia, sellaisena kuin sitä harjoitetaan MIT: ssä, on järjestetty kuvauksen, tislauksen ja suunnittelun “3 Ds: n” ympärille. Monissa tutkimusohjelmissa systemaattista tiedonkeruuta käytetään luomaan yksityiskohtaisia molekyyli-tai solutason kuvauksia systeemistä yhdessä tai useammassa määritellyssä tilassa. Kun otetaan huomioon biologisten järjestelmien monimutkaisuus ja vuorovaikutteisten komponenttien ja parametrien määrä, järjestelmän mallinnus suoritetaan usein tavoitteena tislata olennaisia tai tärkeimpiä alijärjestelmiä, komponentteja ja parametreja ja saada yksinkertaistettuja malleja, jotka säilyttävät kyvyn ennustaa tarkasti järjestelmän käyttäytymistä monenlaisissa olosuhteissa. Järjestelmän tislaaminen voi lisätä mallien tulkittavuutta suhteessa evolutionaarisiin ja teknisiin periaatteisiin, kuten kestävyyteen, modulaarisuuteen ja evolvattavuuteen. Tuloksena olevat mallit voivat myös helpottaa järkiperäisten häiriöiden suunnittelua järjestelmän ymmärtämisen testaamiseksi tai järjestelmän käyttäytymisen muuttamiseksi (esim.terapeuttisia toimenpiteitä varten) sekä pyrkimyksiä suunnitella toisiinsa liittyviä järjestelmiä tai järjestelmiä, jotka koostuvat samankaltaisista biologisista komponenteista.
CSB Faculty and Research
yli 70 tiedekunnan jäsentä instituutissa osallistuu mit: n Computational and Systems Biology Initiative (CSBi) – hankkeeseen. Nämä tutkijat kattavat lähes kaikki osastot School of Science ja School of Engineering, joka tarjoaa CSB opiskelijoille mahdollisuuden jatkaa thesis tutkimusta monenlaisia eri laboratorioissa. Opiskelijoiden on myös mahdollista järjestää opinnäytetyön yhteistyöprojekteja, joissa tiedekunnan jäsenet, joilla on eri osa-alueita, ohjaavat yhdessä opinnäytetyötä. Aktiivisen tutkimuksen osa-alueita ovat laskennallinen biologia ja bioinformatiikka, geeni-ja proteiiniverkot, regulatorinen genomiikka, molekyylibiofysiikka, instrumentaatiotekniikka, solu-ja kudostekniikka, ennustava toksikologia ja aineenvaihduntatekniikka, kuvantaminen ja kuvainformatiikka, nanobiologia ja mikrosysteemit, biologinen suunnittelu ja synteettinen biologia, neurosystems biologia ja syöpäbiologia.
CSB: n PhD-ohjelma
CSB: n PhD-ohjelma on instituutin laajuinen ohjelma, jota ovat yhdessä kehittäneet biologian, biologian ja sähkötekniikan sekä tietojenkäsittelytieteen osastot. Ohjelma integroi biologian, tekniikka, ja laskenta käsitellä monimutkaisia ongelmia biologisten järjestelmien, ja CSB Tohtoriopiskelijoilla on mahdollisuus työskennellä CSBi tiedekunnan eri puolilla instituuttia. Opetussuunnitelmassa painotetaan vahvasti perusaineistoa, jolla kannustetaan opiskelijoita tulemaan tulevaisuuden työkalujen ja teknologioiden luojiksi eikä pelkästään nykyisten lähestymistapojen harjoittajiksi. Hakijalla on oltava biologian (tai siihen liittyvän alan), bioinformatiikan, kemian, tietojenkäsittelytieteen, matematiikan, tilastotieteen, fysiikan tai insinööritieteen perustutkinto, johon kannustetaan kaksipainotteisia tutkintoja.
CSB Graduate Education
kaikki opiskelijat noudattavat perusopetusta, joka sisältää luokat biologian ja laskennallisen biologian sekä luokan laskenta-ja systeemibiologian perustuu tieteelliseen kirjallisuuteen. Advanced electives tieteen ja tekniikan parantaa sekä leveys ja syvyys kunkin opiskelijan koulutus. Ensimmäisen vuoden aikana opiskelijat tekevät kurssityön lisäksi vuorotteluja useissa tutkimusryhmissä, jotta he saavat laajemman altistuksen alan eturintamassa olevalle työlle ja löytäisivät sopivan laboratorion opinnäytetyön tekemiseen. CSB-opiskelijat toimivat myös opetusapulaisina yhden lukukauden ajan toisena vuonna kehittääkseen opetus-ja viestintätaitojaan ja helpottaakseen vuorovaikutustaan eri tieteenalojen välillä. Opiskelijat osallistuvat myös koulutuksen vastuullisen tutkimuksen valmistaa niitä monimutkaisia ja vaatimuksia nykyaikaisen tieteellisen tutkimuksen. Ohjelman kokonaispituus, sisältäen luokkatyön, kelpoisuuskokeet, opinnäytetyön tutkimuksen ja opinnäytetyön valmistelun, on noin viisi vuotta.
opetussuunnitelma
CSB: n opetussuunnitelmassa on kaksi osa-aluetta. Ensimmäinen on ydin, joka tarjoaa perustavaa tietoa sekä biologian ja laskennallisen biologian. Toinen on räätälöity ohjelma valinnaisia, joka valitaan kunkin opiskelijan kuullen jäseniä CSB graduate komitea. Tavoitteena on antaa opiskelijoille laajat toimintavapaudet yksilöllisen kiinnostuksen kohteensa määrittelyssä ja samalla tarjota valvontaa ja ohjausta sen varmistamiseksi, että koulutus on tiukkaa ja perusteellista.
opetussuunnitelman perusteet
opetussuunnitelman perusteet koostuvat kolmesta luokkahuoneaineesta sekä kolmesta eri tutkimusryhmien tutkimusjaksosta. Luokkahuoneen aiheet jakautuvat kolmeen alla kuvattuun alueeseen.
Modern Biology (yksi oppiaine): mit: n modernin biologian termi vahvistaa kaikkien ohjelman opiskelijoiden biologiapohjaa. Biokemian, genetiikan, solubiologian, molekyylibiologian tai neurobiologian oppiaineet täyttävät tämän vaatimuksen. Kunkin opiskelijan erityinen kurssi riippuu heidän taustastaan, ja se määritetään kuullen tutkijakomitean jäseniä.
laskennallinen biologia (yksi oppiaine): laskennallisen biologian termi tarjoaa opiskelijoille taustan laskennan soveltamisessa biologiaan, mukaan lukien sekvenssi -, rakenne-ja systeemitietojen analysointi ja mallintaminen. Tämä vaatimus voidaan täyttää kohdassa 7.91 / 20.490 laskennallisen ja systeemibiologian perusteet.
laskenta – ja systeemibiologian aiheet (yksi oppiaine): Kaikki ensimmäisen vuoden opiskelijat ohjelmaan osallistuvat / 7.89 aiheita laskennallisen ja systeemibiologian, etsintä ongelmia ja lähestymistapoja alalla laskennallisen ja systeemibiologian kautta syvällistä keskustelua ja kriittistä analyysiä valittujen ensisijainen tutkimus papereita. Tämä aihe on rajoitettu ensimmäisen vuoden tohtoriopiskelijoille CSB tai niihin liittyvillä aloilla, jotta voidaan rakentaa vahva yhteisö luokan keskuudessa. Se on ainoa ohjelman aihe, jolla on tällainen rajoitus.
Tutkimusryhmän Rotaatiot (Kolme Rotaatiota): Auttaa opiskelijoita lab valinta ja tarjota erilaisia tutkimustoimintaa laskennallisen ja systeemibiologian, opiskelijat osallistuvat kolmeen tutkimus rotaatioita yhdestä kahteen kuukautta’ kesto ensimmäisen vuoden aikana. Opiskelijoita kannustetaan hankkimaan kokemusta kokeellisista ja laskennallisista lähestymistavoista eri tieteenaloilla MIT: ssä.
Advanced Electives
neljän advanced electiven vaatimus on suunniteltu kehittämään sekä leveyttä että syvyyttä. Valinnaiset lisäävät pohjan monipuolinen ydin ja edistää voimaa aloilla, jotka liittyvät opiskelijoiden kiinnostusta ja tutkimuksen suuntaan. Syvyyden kehittämiseksi kahden neljästä edistyneestä valinnaisaineesta on oltava samalla tutkimusalueella tai osastolla. Kehittää leveys, ainakin yksi valinnaisia on oltava tekniikan ja ainakin yksi tieteen. Jokainen opiskelija suunnittelee ohjelman advanced electives joka täyttää jakelu ja alueen vaatimukset tiiviissä yhteistyössä jäsenten graduate komitea.
Muita Potilaita: Kuten on tyypillistä opiskelijoille muissa tohtoriohjelmissa mit, CSB tohtoriopiskelijat voivat ottaa luokkia yli vaaditun monipuolinen ydin ja kehittyneet electives kuvattu edellä. Näitä lisäaineita voidaan käyttää laajentamaan tai syventämään ehdotettua opetussuunnitelmaa, ja niistä voi olla hyötyä tutkittaessa opiskelijan opinnäytetyön tutkimukseen liittyviä edistyneitä aiheita myöhempinä vuosina. CSB Graduate Committee toimii kunkin jatko-opiskelija kehittää polku opetussuunnitelman asianmukainen hänen tausta ja tutkimusintressejä.
vastuullisen tutkimuksen koulutus: Koko ohjelman, opiskelijoiden odotetaan osallistuvan työpajoja ja muita toimia, jotka tarjoavat koulutusta eettisen tutkimuksen. Tämä on erityisen tärkeää monitieteisillä aloilla, kuten laskennallisessa ja systeemibiologiassa, jossa eri tieteenaloilla on usein hyvin erilaisia filosofioita ja konventioita. Neljännen vuoden loppuun mennessä opiskelijoilla on ollut noin 16 tuntia koulutusta tutkimuksen vastuullisesta johtamisesta.
Karsintakokeet: Kurssityön ja opinnäytetyön lisäksi jokaisen opiskelijan on läpäistävä kirjallinen ja suullinen kelpoisuuskoe toisen vuoden lopussa tai kolmannen vuoden alussa. Kirjallisessa kokeessa valmistellaan opiskelijan opinnäytetyöhön perustuva tutkimusehdotus ja esitetään ehdotus tutkintolautakunnalle. Tämä prosessi luo vahvan pohjan opinnäytetyölle, joka sisältää uusia tutkimusideoita ja tarkentaa tutkimushankkeen laajuutta. Suullinen koe perustuu suoritettuun kurssityöhön ja siihen liittyvään julkaistuun kirjallisuuteen. Vaatimukset täyttävien tenttien tarkoituksena on kehittää ja osoittaa syvyyttä valitulla alueella (opinnäytetyön tutkimusala) sekä tiedon laajuutta laskennallisen ja systeemibiologian alalla.
Opinnäytetutkimus: tutkimus tehdään CSBi: n tiedekunnan jäsenen valvonnassa, ja se huipentuu kirjallisen opinnäytetyön ja sen suullisen puolustuksen toimittamiseen yhteisön ja opinnäytetyön puolustuskomitealle. Toiseen vuoteen mennessä opiskelija on muodostanut opinnäytetyön neuvottelukunnan, jonka kanssa hän kokoontuu vuosittain.
