Konformaatiomuutos

makromolekyylien konformaatiomuutoksen tutkimiseen voidaan käyttää monia biofysikaalisia tekniikoita, kuten kristallografiaa, NMR: ää, elektronien paramagneettista resonanssia (EPR) käyttäen spin label-tekniikoita, ympyrädikroismia (CD), vedynvaihtoa ja FRETIÄ. Kaksoispolarisaatiointerferometria on benchtop-tekniikka, joka pystyy mittaamaan biomolekyylien konformaatiomuutoksia reaaliaikaisesti erittäin suurella resoluutiolla.

proteiinien konformaatiomuutosten tutkimiseen on äskettäin sovellettu erityistä epälineaarista optista tekniikkaa, jota kutsutaan toisen harmoniseksi sukupolveksi (SHG). Tässä menetelmässä toinen-harmoninen-aktiivinen anturi asetetaan kohtaan, joka käy läpi liikkeen proteiinissa mutageneesin tai ei-paikkaspesifisen kiinnittymisen avulla, ja proteiini adsorboituu tai erityisesti immobilisoituu pinnalle. Proteiinin konformaation muutos saa aikaan muutoksen väriaineen nettosuuntauksessa suhteessa pintatasoon ja siten toisen harmonisen säteen voimakkuudessa. Proteiininäytteessä, jonka orientaatio on tarkkaan määritelty, näytteenottimen kallistuskulma voidaan kvantitatiivisesti määrittää reaaliavaruudessa ja reaaliaikaisesti. Myös toisen harmonisen aktiivisia luonnottomia aminohappoja voidaan käyttää koettimina.

toisessa menetelmässä käytetään sähkökytkettäviä biosurfaaseja, joissa proteiinit asetetaan lyhyiden DNA-molekyylien päälle, jotka sitten vedetään puskuriliuoksen läpi käyttämällä vaihtelevia sähköisiä potentiaaleja. Mittaamalla niiden nopeus, joka lopulta riippuu niiden hydrodynaaminen kitka, konformaatiomuutokset voidaan visualisoida.