Kromosomin Konformaatiokaappaus
INTRODUCTION
kromosomin konformaatiokaappaus (3C) on menetelmä, jota käytetään havaitsemaan kromosomien DNA: n tilaorganisaatiota kiinteissä soluissa. DNA-sekvenssejä, jotka ovat tumassa sijainnillisesti lähellä toisiaan tai jotka ovat tekemisissä fysikaalisten vuorovaikutusten kanssa (esimerkiksi geenien ja säätelyelementtien välillä), voidaan arvioida kvantitatiivisesti, jotta saadaan mitta, joka mahdollisesti heijastaa niiden assosioitumistiheyttä ja/tai niiden läheisyyttä. 3C: tä voidaan käyttää saman kromosomin DNA-sekvenssien (intrakromosomaalinen) tai eri kromosomien (interkromosomaalinen) välisten pitkän kantaman interaktioiden tutkimiseen. Lähellä olevat kromatiinifragmentit kiinnitetään lyhyesti formaldehydillä, minkä jälkeen digestio tapahtuu restriktioentsyymeillä, ydinlyysillä, ristisidonnaisten kompleksien laimennuksella ja intramolekulaarisella ligaatiolla. Tämän jälkeen ristisidokset poistetaan ja DNA puhdistetaan. Polymeraasiketjureaktiota (PCR) käytetään sen jälkeen vahvistamaan DNA-fragmentteja, jotka sisältävät uusia sidosliitoksia, käyttäen alukkeita, jotka ovat spesifisiä tutkittavalle DNA-sekvenssiparille. Tässä kuvataan yksityiskohtaista 3C-protokollaa ja kokeellisia kontrolleja, joita voidaan soveltaa minkä tahansa kahden genomialueen ydinreaktioiden tutkimiseen cis: ssä tai trans: ssa.
