Mitä eroa on aineella ja yhdisteellä Pubchemissa?

Pubchemin käyttäjät kysyvät joskus aineen ja yhdisteen eroa. Kysymys ei ole yllättävä, sillä pelkät nimet “substanssi” ja “yhdiste” eivät luonnostaan kerro eroa. Pubchemin terminologiassa aine on kemiallisen näytteen kuvaus, jonka tarjoaa yksittäinen lähde, ja yhdiste on normalisoitu kemiallinen rakenneesitys, joka löytyy yhdestä tai useammasta sisältyvästä aineesta. Ero on tärkeä, sillä PubChem on järjestetty kolmeen erilliseen tietokantaan: yhdiste, aine ja Biotesti. Alla oleva kaavio selittää eron, mutta tutkitaan tätä tarkemmin.

Pubchemin eri tietokantojen ymmärtämiseksi on hyödyllistä tietää, mistä tiedot ovat peräisin. PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) on avoin arkisto kemiallisista aineista ja niiden biologisesta toiminnasta. Tietoja antavat sadat tietolähteet (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/lähteet/), mukaan lukien kustantajat, tutkijat, kemikaalitoimittajat, lääkeyhtiöt ja joukko tärkeitä kemian biologian resursseja. Kukin näistä tietolähteistä esittää kuvauksen kemiallisista aineista otetuista näytteistä, joista niillä on tietoa.

PubChem kutsuu näitä yhteisön tarjoamia näytekuvauksia ” aineiksi.”Jokainen Pubchemin Ainetietokannasta (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pcsubstance) löytyvä tietue sisältää yksittäisen tietolähteen antamia tietoja tietystä kemiallisesta aineesta. Aineisto on toisistaan riippumaton. Kaksi eri ainekohtaista tietuetta (samoilta tai eri toimittajilta) voisivat antaa erilaista tietoa samasta kemiallisesta rakenteesta. Esimerkiksi yksi aineisto voi antaa tietoa aspiriinin biologisesta roolista, kun taas toinen voi antaa tietoa aspiriinin tutkimuslaatuisesta näytteestä. Ainetietokanta ylläpitää kemiallisten aineiden tietojen alkuperää Pubchemissa. Se auttaa käyttäjiä näkemään, kuka tarjosi mitäkin. Tämän seurauksena tietystä molekyylistä voi olla useita ainetietoja, mikä aiheuttaa ongelman käyttäjille, jotka ovat kiinnostuneita molekyyliä koskevan tiedon aggregoidusta näkemyksestä. Tähän liittyy PubChem-Yhdistelmätietokanta (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound).

Yhdistetietokanta on johdettu Ainetietokannasta löytyvästä kemiallisesta rakennesisällöstä. Jokainen kemikaali tutkitaan laskennallisesti validointi-ja normalisointivaiheiden avulla. Tämä prosessi johtaa aineen kemiallisen rakenteen normalisoituneeseen esitykseen. Yhdistetietokantaan ei sisälly ainetietokannassa olevia kemiallisia aineita, joita ei ole täysin kuvattu tai jotka epäonnistuvat normalisoinnissa. Ne Ainetietokannassa olevat aineet, jotka läpäisevät kemiallisen rakenteen normalisointimenettelyt, liittyvät Yhdistetietokannassa olevaan “yhdiste” – tietueeseen. Jos kaksi ainetta viittaa samaan kemialliseen rakenteeseen, ne viittaavat samaan yhdisteeseen. Tämä mahdollistaa eri Ainetietojen tarjoajien tietojen yhdistämisen yhteisen Yhdistelmärekisterin kautta. Kuitenkin myös erillisten ainetietojen pitäminen on edelleen arvokasta käyttäjille, joita esimerkiksi saattaa kiinnostaa aineen alkuperä tai kemikaalin tietty olomuoto (esim.eri tautomeerinen muoto). Pohjimmiltaan PubChem-Yhdistetietokannan ensisijainen tarkoitus on tarjota “ei-tarpeeton” näkymä PubChem-Ainetietokantaan tallennetusta tallettajan tuottamasta kemiallisen rakenteen sisällöstä.

vastatakseni alussa esitettyyn kysymykseen, Mikä on aineen ja yhdisteen ero? Aine on tietyn PubChem-tiedon tarjoajan tuottaman vaikuttavan kemiallisen aineen näytteen kuvaus. Yhdiste on normalisoitu kemiallinen rakenne representaatio, joka esiintyy yhdessä tai useammassa myötävaikuttavan aineen kuvauksessa.

jos haluat lukea lisää aiheesta, harkitse näiden linkkien tutkimista:

• PubChem Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/help.html#PubChem_Overview)
• PubChem Substance/Compound Summary Page Help (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/subcmpd_summary_page_help.html#SubstanceVsCompound)
• Small Molecules and Biological Activities (a book chapter in the NCBI Handbook) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184580/)
• PubChem: Integrated Platform of Small Molecules and Biological Activities (http://dx.doi.org/10.1016/S1574-1400(08)00012-1, or ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/publications/ARCC_PubChem_Integrated_Platform.pdf).