Kvantitatiivisen sytomegaloviruksen DNA-testin tulkinta: laboratorion perspektiivin ymmärtäminen | Jiotower
analyyttiset Testiominaisuudet
viruskuormituskokeiden suoritusarvot on ymmärrettävä, jotta testituloksia voidaan käyttää ja tulkita oikein. Näitä ovat havaitsemisraja (Lod), alempi ja ylempi määritysraja, lineaarinen alue, tarkkuus (Toistettavuus) ja tarkkuus. Kvalitatiivisissa molekyylitesteissä käytetään tyypillisesti MÄÄRITYSRAJAA (LOD), joka on pienin DNA-pitoisuus , joka voidaan havaita 95 prosentissa rinnakkaisnäytteistä.; termiä voidaan kuitenkin soveltaa myös kvantitatiivisiin viruskuormituskokeisiin. Ylempi ja alempi määritysraja ovat suurimmat ja pienimmät DNA-pitoisuudet, jotka voidaan kvantifioida “hyväksyttävällä tarkkuudella” . Tällä hetkellä ei ole olemassa sovittua määritelmää “hyväksyttävälle tarkkuudelle”, joten yksittäiset laboratoriot määrittelevät sen paikallisesti. Tapa, jolla” hyväksyttävä tarkkuus ” määritellään, voi vaikuttaa suuresti MÄÄRITYSRAJAAN. Määritysraja voi olla sama kuin alempi määritysraja tai alempi kuin alempi määritysraja. Jälkimmäisessä tilanteessa testi voi havaita CMV-DNA: n, mutta arvoa ei voida tarkasti kvantifioida. Näissä tapauksissa laboratorio voi ilmoittaa tuloksen “havaittu mutta alle määritysrajan”; jotkut laboratoriot raportoivat tämän ” Alhainen positiivinen.”Laboratorion pitäisi pystyä antamaan sekä määritysraja että määritysraja; esimerkiksi meidän laboratoriossamme CMV-viruskuormitustestin määritysraja on 100 kopiota/mL, kun taas määritysraja on 300 kopiota / mL. Kliinikkojen kuulemisen jälkeen päätettiin ilmoittaa arvot 100-300 kopiota/mL “heikosti positiivisina” tuloksina, kun taas arvot >300 kopiota/mL ilmoitetaan kokonaislukuarvona.
vaikka erittäin herkät molekyylitestit ovat usein tärkeitä tarttuvien patogeenien havaitsemisessa, näin ei välttämättä ole CMV-DNA-testeissä. Alhaisten CMV-DNA-pitoisuuksien (<100-500 kopiota/mL) kliinistä merkitystä voi olla vaikea tulkita, varsinkin jos testataan kokoverinäytteitä, koska kokoveren tai plasman alhaiset CMV-DNA-pitoisuudet eivät aina korreloi taudin kehittymiseen. Hoitokynnyksen määrittämiseksi on tehty joitakin tutkimuksia, kuten maksansiirtopotilaiden CMV-taudin luonnonhistoriallinen tutkimus . Käyttämällä COBAS Amplicor Monitor test (Roche Molecular Diagnostics), kirjoittajat osoittivat, että viruskuorman arvo 2000-5000 kopiota/mL korreloi kehityksen end elin tauti. Tämä raja-arvo on testistä riippuvainen ja voi olla suurempi tai pienempi muiden ldt: iden osalta. Tutkimukset ovat myös osoittaneet, että sekä viruskuorman arvo että viruskuorman muutosnopeus ovat tärkeitä aktiivisen sairauden kehittymisen ennustajia . Mitä nopeammin viruskuorman arvo kasvaa, sitä suurempi on CMV-taudin kehittymisen riski. Kun testit on kalibroitu uudelleen kansainvälisen standardin mukaisesti, voidaan määrittää yleinen kliinisesti relevantti LOD-arvo ja alempi LOQ-arvo. Tällä hetkellä saatavilla olevan tiedon ja kokemuksen perusteella 250-500 IU/mL saattaa olla sopiva määritysraja ja/tai alempi määritysraja.
koska useimmat ldt: t käyttävät reaaliaikaisia polymeraasiketjureaktiotekniikoita, CMV-viruskuormitustestien lineaarinen vaihteluväli on yleensä vähintään 6 log10; esimerkiksi testi voi havaita 2, 0 log10 kopiota/mL (100 kopiota/mL) – 7, 0 log10 kopiota/mL (10 miljoonaa kopiota/mL). Emory Medical Laboratoriesissa vuonna 2009 suoritetun CMV-viruskuormitustestin tarkastelu osoitti, että plasmanäytteille tehdyistä noin 8500 CMV-DNA-viruskuormitustesteistä 671 (7,9%) oli positiivisia. Näistä 394 (58, 7%) oli <1 000 kopiota/mL, 169 (25, 2%) oli 1 000-10 000 kopiota/mL ja 63 (9, 4%) oli 10 000-100 000 kopiota/mL. Lisäksi 45: llä (6, 7%) CMV-DNA-viruskuorma oli >100 000 kopiota/mL. Vaikka alhaiset viruskuorma-arvot ovat yleisiä, niiden kliininen merkitys on epäselvä. Erittäin korkeat viruskuormitusarvot ovat melko harvinaisia, ja niitä esiintyy yleensä primaarista CMV-infektiota sairastavilla immunosuppressiopotilailla tai potilailla, joilla on erittäin vaikea sairaus. Koska joillakin yksilöillä voi olla jopa 10 miljoonaa viruskuormaa, testin ylärajan pitäisi olla tällä alueella.
yksittäisen potilaan pituussuuntaisten viruskuorman arvojen tärkeiden erojen tulkinta edellyttää testin tarkkuuden tai toistettavuuden ymmärtämistä. Viruskuormituskokeiden vaihtelu on yleensä suurinta alemman ja ylemmän määritysrajan lähellä ja pienintä määritysvälin keskialueella. Tämän vuoksi pienet muutokset alhaisessa viruskuormassa eivät ole merkittäviä; esimerkiksi sellaisen potilaan viruskuorman arvojen välillä, jonka viruskuorman arvo on noussut 200 kopiosta/mL 500 kopioon/mL, ei ole selvää eroa, koska tämä ero on määrityksen vaihtelun sisällä. Hyödyllisin tieto kliinisesti merkittävistä viruskuorman muutoksista on saatu HIV-1-hoidosta. Näissä FDA: n hyväksymissä testeissä testivaihtelu vaihtelee välillä 0, 1 log10 kopiota/mL-0, 2 log10 kopiota/mL verrattuna kroonisesti infektoituneiden hoitamattomien yksilöiden biologiseen vaihteluun, joka on noin 0, 3 log10 kopiota/mL. Siksi viruskuorman muutosten (>0, 5 log10 kopiota / mL) arvellaan merkitsevän biologisesti tärkeitä muutoksia viruksen replikaatiossa. Vaikka arvo 0, 5-log10 kopiota / mL on laajalti hyväksytty käytettäväksi monien muiden viruspatogeenien kanssa, se ei välttämättä ole tarkka CMV: n suhteen. Koska CMV: n biologista vaihtelua ei tunneta, tärkeitä viruskuorman muutoksia on historiallisesti arvioitu vain testivaihtelun perusteella. Lisätutkimukset HIV-1: llä osoittivat, että testin SD-arvon piti olla ≤0, 15 log10 kopiota/mL, jotta viruskuorman arvot olisivat 5-kertaiset . CMV ldt: iden osalta määrityksen vaihtelun ei odoteta olevan sen parempi kuin FDA: n hyväksymissä HIV-1-viruskuormituskokeissa ja se voi hyvinkin olla suurempi, erityisesti lähellä alhaisempaa MÄÄRITYSRAJAA . Kun CMV – viruskuorman arvot ovat <1000 kopiota / mL, muutokset ovat <5-kertaisia (0.7 log10) viittaa harvoin kliinisesti merkittäviin muutoksiin viruksen replikaatiossa. Arvojen >1000 kopiota / mL kohdalla 3-kertaiset (0, 5 log10) muutokset viruskuormassa voivat olla merkittäviä, joskin tämä voi vaihdella ldt-arvojen välillä. Jotkut keskukset raportoivat viruskuormituksen kopiona / mL ja log10 kopiona / mL, koska kliinikot eivät todennäköisesti ylimitoita pieniä muutoksia viruskuormituksessa log10-arvoina ilmaistuna.
lähtötason viruskuorman määritysnäyte tulee kerätä päivänä, jona CMV-hoito aloitetaan, vaikka CMV-viruskuorman määritys olisi tehty muutamaa päivää aiemmin. Hoitamattomien potilaiden CMV-viruskuorma saattaa kasvaa nopeasti muutaman päivän aikana, joten on tärkeää, että CMV-viruskuorma määritetään hoidon aikana. Jos viruskuormitusarvot ylittävät ylemmän määritysrajan, on suositeltavaa, että laboratorio laimentaa näytettä todellisen viruskuorman määrittämiseksi. Hoidon aloittamisen jälkeen ihanteellinen seurantaväli on viikoittain, koska CMV-DNA: n puoliintumisaika plasmassa on 3-8 päivää . Toinen syy käyttää tätä aikaväliä on se, että ei ole harvinaista, että CMV-DNA-viruskuorma kasvaa potilaalla muutaman päivän kuluttua hoidon aloittamisesta, ja tämä voidaan tulkita väärin hoidon epäonnistumiseksi. Koska potilailla , joilla on pysyvää DNA: ta plasmassa tai kokoveressä, on lisääntynyt taudin uusiutumisen riski, nykyiset ohjeet suosittelevat viruslääkityksen jatkamista, kunnes viruskuorma on mitattavissa. Joillakin potilailla CMV-DNA: n pitoisuus plasmassa tai kokoveressä on jatkuvasti alhainen, eikä heille koskaan kehity CMV-tautia tai taudin uusiutumista. Näillä henkilöillä on hyödyllisempää seurata viruskuorma-arvojen kehitystä ajan mittaan kuin arvioida jonkin tietyn viruskuorma-arvon merkitystä. Viruskuorma malleja, jotka ovat huolestuttavia lääkkeille resistentti virus ovat ne, jotka eivät vähene 2 viikon asianmukaisen hoidon, ne, joilla on tasannetta määrä viruskuorman lasku, ja ne, joilla on ensimmäinen lasku ja sitten myöhempi nousu viruskuorman hoidon aikana. Näiden potilaiden resistenttien virusten esiintyminen on arvioitava sekvensoimalla UL97-ja / tai ul54-geenit (polymeraasi) suoraan plasmanäytteestä.
CMV DNA-viruskuormitustestit on suunniteltu siten, että ne eivät ristireaktioi muiden herpesvirusten kanssa. Immuunipuutteisella potilaalla kahden herpesviruksen, esimerkiksi CMV-viruksen ja Epstein-Barr-viruksen, toteaminen kertoo molempien virusten uudelleenaktivoitumisesta eikä johdu ristireaktiivisuudesta.
