poliovirus-C-viruksen (HCV) geneettinen analyysi: poliovirus-Kloverleafin ja HCV 5: n Transloitumattoman alueen sekvenssin välinen yhteisvaikutus johtaa replikaatioon fenotyyppi
Abstrakti
sisäiset RIBOSOMAALISET Sisääntuloalueet (IRESS) voivat toimia Vieraissa viruksen genomeissa tai keinotekoisissa DICISTRONISISSA mrnas-järjestelmissä. Kuvaamme interaktion villin tyypin hepatiitti C-viruksen (HCV) spesifisen sekvenssin ja polioviruksen (PV) 5′-terminaalisen apilanlehtien välillä PV/HCV-kimeerisessä viruksessa (sisältävät HCV-IRES), mikä johtaa replikaatioon fenotyypissä. Joko pistemutaatio nukleotidissa (nt) 29 tai deleetio NT 40 asti HCV 5′: n transloitumattomalla alueella vapautti replikaatiolohkon, jolloin PV/HCV-variantit replikoituivat korkeisiin tiittereihin. IRES: n ja sitä ympäröivän heterologisen RNA: n väliset satunnaiset mutta lamauttavat vuorovaikutukset on otettava huomioon, kun IRES-pohjaisia dicistronisia lausekevektoreita rakennetaan.
kaikki pikornaviruksen genomit sisältävät geneettisen elementin nimeltä sisäinen ribosomaalinen sisääntuloalue (IRES) , joka mahdollistaa viruksen genomisten mrnojen translaation 5′ – ja cap-riippumattomalla tavalla (5, 12, 13, 16, 20, 25). Samanlaisia geneettisiä elementtejä on löydetty myös hepatiitti C-viruksen(HCV) (24), Hepaviruksen, ja naudan virus ripuli virus (21), pestivirus, theFlaviviridae-heimon genomeista. IRESs sijaitsevat genomien 5 ‘ – terminaalisessa segmentissä, jossa ne ohjaavat polyproteiinisynteesin aloittamista. Tietyt hyönteisten RNA-virukset, esim. plautian stalinistinen virus, ovat kuitenkin poikkeuksellisia siinä mielessä, että niiden kognitio IRES kartoittaa useita tuhansia nukleotideja perimän 5’: n päässä erottaen toisistaan kaksi eri polyproteiineja koodaavaa kistronia (23). On kiinnostavaa, että olemme aiemmin kehittäneet dicistronisen polioviruksen (PV) lisäämällä enkefalomyokardiittiviruksen IRES-virusta PV-polyproteiinin (16) koodausalueelle. Tämän dicistronisen PV: n geneettinen organisaatio, joka koodaa kahta polyproteiinia, jotka on erotettu IRES-elementillä, muistuttaa läheisesti P. stali-suolistoviruksen geneettistä organisaatiota.
IRES-alkuaineet määritellään funktion eikä nukleotidisekvenssin mukaan. PV-viruksella, picornaviruksella, ja HCV-viruksella, flaviviruksella, on vain vähän jos lainkaan yhteistä sekvenssiä, mutta molemmat toimivat ribosomaalisen sisääntulon edistäjinä kääntämisen aloittamiseksi. Ilmiö näkyy selvimmin kimeerisissä PV / HCV-viruksissa, joissa kognitiivinen PV IRES on vaihtunut HCV: n virukseen (15, 28). Yllättäen HCV IRES sisältää sekvenssin alavirtaan Aug-kodonista aloittaen sen polyproteiinin (15, 22). Elinkelpoisen PV/HCV-kimeerisen viruksen rakentamisessa tarvittiin osa ydinproteiinia koodaavasta sekvenssistä elinkelpoisen viruksen saamiseksi (Kuva.1, ΔCore) (15). ΔCore-sekvenssi johtaa ΔCore/PV-fuusiopolyproteiinin muodostumiseen, joka on käsiteltävä pilkkoutumalla PV-virusproteinaasi 2apron avulla ΔCore*1a-liitoksessa (Kuva. 1) (28). ΔCore-sekvenssin kääntämisestä johtuvien ydinsekvenssikoodattujen peptidien tuotanto ei kuitenkaan ole tarpeen HCV-IRES: n funktiolle P/H710-d17* (28). (Aiemmissa tutkimuksissa P/H710-d17 nimettiin P / H701-2a: ksi, koska kimeerinen genomi sisälsi HCV-spesifisen sekvenssin HCV-genomin nukleotideista 18-710 . HCV 5: n kääntämättömän alueen numerointi tässä asiakirjassa vastaa kokopitkän HCV 5 ‘ HTR: n numerointia .)
- Lu H.,
- Alexander L.,
- Wimmer E.
dicistronisten poliovirusten Rakentaminen ja geneettinen analyysi, jotka sisältävät avoimia lukukehyksiä ihmisen immuunikatoviruksen tyypin 1 gp120 epitoopeille.J. Virol.69199547974806
- Lu H. H.,
- Wimmer E.
hepatiitti C-viruksen geneettisten elementtien translaatiokontrollissa monistuvat Polioviruskimeerit paljastavat epätavallisia ominaisuuksia hepatiitti C-viruksen ribosomaalisessa sisääntulokohdassa.Proc. Natl. Acad. Sci. USA93199614121417
- Molla A.,
- Jang S. K.,
- Paul A. V.,
- Reuer Q.,
- Wimmer E.
Kardioviruksen sisäinen ribosomaalinen sisääntulokohta on funktionaalinen geneettisesti muunnetussa dicistronisessa polioviruksessa.Luonto3561992255257
- Molla A.,
- Paul A. V.,
- Wimmer E.
soluton, polioviruksen de novo-synteesi.Tiede254199116471651
- persilja T. B.,
- Towner J. S.,
- Blyn L. B.,
- Ehrenfeld E.,
- Semler B. L.
Poly (rC)-sitova proteiini 2 muodostaa ternaarisen kompleksin poliovirus-RNA: n ja viruksen 3CD-proteinaasin 5′ – terminaalisten sekvenssien kanssa.RNA3199711241134
- Paul A. V.,
- Mugavero J.,
- Molla A.,
- Wimmer E.
Internal ribosomal entry site scanning of the poliovirus polyprotein: implications for proteolytic processing.Virologia2501998241253
- Pelletier J.,
- Sonenberg N.
eukaryoottisen mRNA: n sisäinen translaatio, jonka on ohjannut polioviruksen RNA: sta johdettu sekvenssi.Luonto3341988320325
- Poole T. L.,
- Wang C.,
- Popp R. A.,
- Potgieter L. N.,
- Siddiqui A.,
- Collett M. S.
Pestiviruksen translaatio tapahtuu ribosomin sisäisellä sisäänmenolla.Virologia2061995750754
- Reynolds J. E.,
- Kaminski A.,
- Kettinen H. J.,
- Grace K.,
- Clarke B. E.,
- Carroll A. R.,
- Rowlands D. J.,
- Jackson R. J.
C-hepatiittiviruksen RNA: n sisäisen translaation ainutlaatuisia piirteitä.Tri EMBO J.14199560106020
- Sasaki J.,
- Nakashima N.
translaation aloitus CUU-kodonissa tapahtuu picornan kaltaisen hyönteisen ribosomin sisäisen sisäänmenokohdan kautta in vitro.J. Virol.73199912191226
- Tsukiyama-Kohara K.,
- Iizuka N.,
- Kohara M.,
- Nomoto A.
ribosomin sisäinen saapumispaikka hepatiitti C-viruksen RNA: ssa.J. Virol.66199214761483
- Wimmer E.,
- Hellen C. U.,
- Cao X.
polioviruksen genetiikka.Annu. Pastori Genet.271993353436
- Xiang W.,
- Harris K. S.,
- Alexander L.,
- Wimmer E.
yhteisvaikutus 5′-terminaalisen polioviruksen kloverleafin ja 3AB/3CDpro: n välillä on välttämätön RNA: n replikaation kannalta.J. Virol.69199536583667
- Xiang W.,
- Paul A.,
- Wimmer E.
RNA-signaalit entero-ja rinoviruksen genomin replikaatiossa.Semin. Virol.81997256273
- Zhao W. D.,
- Wimmer E.,
- Lahter F. C.
Poliovirus/hepatiitti C-virus (sisäinen ribosomaalinen entry site-core) kimeeriset virukset: parani kasvuominaisuuksia muuttamalla proteolyyttistä pilkkoutumiskohtaa ja vaatimalla ydin-RNA-sekvenssejä, mutta ei ytimeen liittyviä polypeptidejä.J. Virol.73199915461554
