tunnistaminen ja luonnehtiminen, Mandarivirus-sukuun kuuluvan uuden jäsenen

Molekyyliominaisuudet ja genomijärjestely määritettiin Citrus yellow vein clearing-virukselle (CYVCV), sitruunapuiden keltaisen vein clearing-taudin oletetulle virukselle, joka on raportoitu Pakistanissa, Intiassa ja äskettäin Turkissa ja Kiinassa. Turkin Adanasta peräisin olevaa cyvcv-isolaattia Y1 käytettiin viruksen indusoimien pienten RNA-fraktioiden syväsekvenssianalyysiin sekä ruohomaisten ja sitrushedelmien indikaattorikasvien mekaaniseen ja siirteen inokulointiin. Polyklonaalinen antiseerumi kehitettiin Phaseolus vulgaris-bakteerista puhdistetusta CYVCV-Y1: stä ja sitä käytettiin western blot-määrityksissä cyvcv-Y1: n päällysteproteiinin luonnehtimiseen ja sen serologisen suhteen määrittämiseen sukulaisiin viruksiin. Illumina-sekvensoiduista lyhyistä lukemista koottuja kontigeja käytettiin koko genomin rakentamiseen Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV), joka koostui 7 529 nukleotidin positiiviaistisesta RNA: sta ja sisälsi kuusi ennustettua avointa lukukehystä. CYVCV: n genomin organisaatio ja koko muistutti fleksivirusten kokoa, ja sekvenssihomologioiden etsintä paljasti, että Intian sitrushedelmien rengaslaikkuvirus (ICRSV) (Mandarivirus, Alphaflexiviridae) on lähimmin sukua oleva virus. CYVCV: n nukleotidisekvenssin identiteetti ICRSV: llä oli kuitenkin ≈74%. Vaikka nämä kaksi virusta olivat samankaltaisia genomin järjestäytymisen, virushiukkasten ja Nurmi-isäntäalueen suhteen, CYVCV aiheutti sitruksissa erilaisia oireita ja oli serologisesti erilainen kuin ICRSV. Pohjustuspareja suunniteltiin ja käytettiin viruksen havaitsemiseen tavanomaisella ja kvantitatiivisella käänteiskopio-polymeraasiketjureaktiolla keltalaskimoissa, jotka raivaavat oireilevia kenttäpuita sekä siirteen ja mekaanisesti inokuloituja isäntäkasveja. Nämä tiedot viittaavat yhteisesti siihen, että CYVCV on keltasuonitaudin aiheuttaja ja edustaa uutta lajia Mandarivirus-suvussa.