3,6. Átiratokkal és azonos nevekkel rendelkező gének, amelyekről azt jelentették, hogy 0 számlálással rendelkeznek, még a leképezett olvasások esetén is

Home: Fontos értesítések! a 2017 júniusa előtt kiadott termékek csak verzióit érintő problémák! az átiratokkal és azonos nevekkel rendelkező gének, amelyek 0 számlálással rendelkeznek, még a leképezett olvasmányok esetén is

a probléma

az RNS-Seq eszköz futtatásakor a sáv alapú hivatkozások és

• a “génekkel és átiratokkal ellátott genomok” opció használatával, és
• két vagy több gén mindegyik génhez hozzárendelhető egy átirat az mRNS-sávból

majd az “átiratok jegyzetekkel” oszlopban szereplő érték a GE track és a TE track 0 volt, és az ilyen gének összes számát nullának jelentették, még akkor is, ha az olvasás leképezte őket.

mely szoftverek és verziók érintettek?

ez a probléma a következőket érinti:

mely szoftververziók vannak javítva?

ez a probléma fix a CLC Genomics Workbench 9.0.1, Biomedical Genomics Workbench 3.0.1 és CLC Genomics Server 8.0.1, megjelent június 9, 2016.

az előző kiadási sorban is foglalkoztak vele: CLC Genomics Workbench 8.5.3, Biomedical Genomics Workbench 2.5.3 és CLC Genomics Server 7.5.3, megjelent június 16, 2016.

a probléma javítását leíró Kiadási megjegyzések az egyes termékek legújabb fejlesztéseinek oldalain találhatók. Ezt a javítást a következőképpen írják le:

Javítva egy probléma az RNS-Seq Analysis tool, amely akkor fordulhat elő, ha a “genomes annotated with genes and transcriptions” opciót választották: ha két vagy több génnek ugyanaz a neve, és egy átirat lehet rendelni minden az mRNS pályán, akkor az érték a “átiratok annotated” oszlopban a GE pályán és a TE pályán volt 0. Továbbá, az ilyen gének összes számát nullának jelentették, még akkor is, ha olvasások voltak leképezve hozzájuk.

Hogyan ellenőrizhetem, hogy az RNS-Seq elemzésemet befolyásolta-e a probléma?

annak megállapításához, hogy az elemzés befolyásolja-e:

• rendezze a te track táblázatot az oszlopon: “átiratok jegyzetekkel”
• minden olyan átirat, amelynek ebben az oszlopban 0 van, érintett. Az összes többi átiratot nem érinti ez a hiba.

a hiba az RNS-Seq algoritmus végrehajtásának nagyon késői szakaszában volt jelen, amikor a számítási eredményeket bevitték a táblázatba. Az alapul szolgáló számításokat helyesen végezték el, de a duplikált génnevek értékeit kizárták. A táblázatban szereplő nem nulla értékek helyesek, és a javítással nem változnak.

míg a “Transcripts annotated” oszlopban 0-val rendelkező átiratok (érintett átiratok) gyakran láthatók, ha az érintett szoftververziókat a fent leírt elemzési feltételek mellett használjuk, nem számítunk arra, hogy a legtöbb esetben újra kell futtatni az elemzéseket. Általában csak nagyon kis számú gén / transzkriptum érintett, és ezek nem feltétlenül az elemzés szempontjából érdekes gének. Például sok esetben a gének ugyanazt a nevet adták az rRNS-eknek, a snoRNA-nak és más egyéb RNS-eknek, nem pedig az mRNS-eknek.
ha a potenciális érdeklődésre számot tartó génekhez kapcsolódó érintett átiratokat lát, akkor azt javasoljuk, hogy futtassa újra az elemzést a szoftver olyan verziójával, amely tartalmazza a probléma javítását.