a Clostridium innocuum ATCC 14501 törzs teljes Genomszekvenciája

bejelentés

beszámolunk a Clostridium innocuum ATCC 14501 törzs teljes genomszekvenciájáról, amelyet 1962-ben azonosítottak egy appendicealis tályogból történő izolálás után (1). Gram-pozitív rúdként jellemezték terminális spórákkal. A kolóniák átmérője 1,5-2,5 mm volt, fényesek, fehérek, felemeltek és nem hemolítikusak. A tenyészet felülúszójának egerekbe történő intraperitoneális beoltása nem volt patogén. Azóta a C. innocuum jóindulatú gasztrointesztinális mikroorganizmusnak tekinthető (1).

most a C. innocuum patogén potenciálját vizsgálják felül. Nemrégiben Chia és munkatársai arról számoltak be, hogy a C. innocuum a második leggyakoribb clostridialis faj, amely extraintesztinális fertőzést okoz (2), és a Clostridioides difficile-szerű bélfertőzés egyik oka (3). Ezek az izolátumok vankomicin-rezisztensek voltak, citotoxikusak voltak a Vero-és HT-29-sejtekre, és enteropatogének voltak egerekben (3). A C. innocuum patogenitás ezen felülvizsgálatával az ATCC 14501 törzs teljes genomszekvenciájára van szükség.

genomi DNS-t (Gdns) mind az Illumina, mind a Nanopore könyvtárak esetében a BiOstic bacteremia DNS isolation kit (Qiagen, Germantown, MD) segítségével extraháltuk egy éjszakai tenyészetből, amelyet anaerob módon termesztettek triptikus szója húslevesben 37-nél. Az alapértelmezett paramétereket minden szoftverhez használták, hacsak másként nem határozták meg. A guppy v3.4.5-öt az R9.4.1 nagy pontosságú modellel történő hívásolvasások alapozására, valamint a Q pontszámok, a demultiplexelés és a vonalkód-vágás alapján történő olvasási minőségszűrés elvégzésére használták. Hozzávetőleges olvasási lefedettség volt 98 646 olvasás összesen 460,0 Mbp. A read N50 érték 22 933 nukleotid, az L50 érték pedig 7784 Read volt. A Nanopore olvasási minőségét a pycoQC v2 segítségével értékeltük.5.0.21 (4).

rövid olvasású szekvenáló könyvtárakat készítettünk a gDNA-ból a Nextera XT kit (Illumina, San Diego, CA) segítségével, és az Illumina MiSeq platformon szekvenáltuk egy v3 áramlási cella segítségével, hogy 482 327 pár 301-bp olvasást kapjunk. A szekvenáló adaptereket a műszer leolvasásaiból kivágták, hogy 196,3 Mbp szekvenciát generáljanak, hozzávetőleges Genom lefedettséggel 42-vel. Az Illumina olvasási minőségét a FastQC v0.11.2 (5) használatával értékeltük. A hamis pozitív variánshívások minimalizálása érdekében az Illumina olvasmányok minőségi vágását nem végezték el (6).

a genomot Nanopórus olvasással állítottuk össze Q pontszám szűrés a Flye v2.6 segítségével egyetlen 4,30 Mb-os contig (7) előállításához. Az adapterrel díszített Illumina olvasmányokat a BWA v0.7.17 segítségével igazítottuk a szerelvényhez, az összeszerelési hibákat pedig a Pilon v1.23 segítségével javítottuk, 0,1-es –mindepth beállítással (8, 9). A Soros olvasási igazítást és a Pilon korrekciót háromszor hajtották végre, amíg további összeszerelési korrekciók nem keletkeztek. Egyedi szoftvert (Pilon Tools v0.1) (https://github.com/egonozer/pilon_tools) használtak a maradék homopolimer szerelési hibák azonosítására, kézi értékelésére és kijavítására. Keringetőszivattyú v1. 5.Az 5-öt a kromoszóma cirkularizációjának biztosítására használták az átfedő végek levágásával és a dnaA gén kezdetéig történő forgatással (10). A végső összeállítás egyetlen kromoszómaszekvencia, amelynek hossza 4 718 906 bp, GC-tartalma 43,6%. Az annotációt az NCBI prokarióta Genom annotációs csővezeték (PGAP) v4.11 (11, 12) alkalmazásával végeztük.