ChIP-exo

ChIP-exo egy speciális változata ChIP használt nagyon specifikusan térkép protein of interest (POI) kötő helyek a genomban. A ChIP-exo további DNS-emésztési lépést ad a ChIP-seq – hoz. Amikor az antitest a POI-kromatin komplexhez kötődik, egy 3′ exonukleázt használnak a POI kötőhelyéből kiálló DNS emésztésére. Ez csökkenti a felbontást több száz nukleotidról akár egyre (Rhee and Pugh, 2012). Az 5′ szálak megmaradnak, és mikroarray, PCR vagy leggyakrabban szekvenálás segítségével detektálják a régiót.

ennek a technológiának a fő előnye egyértelműen a felbontás növekedése, de a szennyező DNS emésztésével csökkenti a zajt is, ezért kevesebb szekvenálási mélységre van szükség (Rhee and Pugh, 2012). Ennek az érzékenységnek köszönhetően a ChIP-exo-t új transzkripciós iniciációs helyek és más felfedezésen alapuló tanulmányok feltérképezésére használták (Venters and Pugh, 2013). Az egyetlen valódi hátrány az, hogy a fehérje komplex háromdimenziós kölcsönhatásai elvesznek. Például, ha egy transzkripciós faktor egyidejűleg két genomi régiót köt meg, akkor ezt két különálló kötési eseménynek kell tekinteni, nem pedig egynek.

a közelmúltban a ChIP-exo-t a közös Illumina szekvenáló platform használatára adaptálták. Ez az adaptáció akutan felülmúlta a ChIP-seq-t az Illumina-n minden mutatóban, és kifejezetten hatékony humán vizsgálatokhoz készült (Serandour et al., 2013).

ChIP-exo további olvasás

Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2011). Átfogó Genom-szintű fehérje-DNS kölcsönhatások detektálva egy nukleotid felbontással. 147-es cella, 1408-1419.

ez a cikk a ChIP-exo-t kifejlesztő csoportból származik, és részletesen leírja a folyamat munkafolyamatát. A szerzők a technológiát a korábban ismeretlen transzkripciós faktorkötő sties jellemzésére is alkalmazzák.

referencia lista

• Rhee, H. S., and Pugh, B. F. (2012). ChIP-exo módszer a DNS-kötő fehérjék genomi helyének azonosítására közel egy nukleotid pontossággal. Curr. Protokoll. Mol. Biol. 21. Fejezet, 21.24.
• Serandour, A. A., Brown, G. D., Cohen, J. D., and Carroll, J. S. (2013). Az Illumina alapú ChIP-exonukleáz módszer kifejlesztése betekintést nyújt a FoxA1-DNS kötési tulajdonságaiba. Genom Biol. 14, R147.
• Venters, B. J. és Pugh, B. F. (2013). Humán transzkripciós iniciációs komplexek genomikus szervezete. Természet 502, 53-58.